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- PDB-2i2o: Crystal Structure of an eIF4G-like Protein from Danio rerio -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i2o
タイトルCrystal Structure of an eIF4G-like Protein from Danio rerio
要素eIF4G-like protein
キーワードStructural genomics / unknown function / eIF4G-like protein / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


histone mRNA stem-loop binding complex / translation activator activity / cap-dependent translational initiation / regulation of translational initiation / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / MIF4G domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of an eIF4G-like protein from Danio rerio.
著者: Bae, E. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF4G-like protein
B: eIF4G-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4244
ポリマ－52,3062
非ポリマー1172
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)317.796, 40.948, 40.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 9 - 217 / Label seq-ID: 11 - 219

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 eIF4G-like protein


分子量: 26153.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: Dr.38751 (BC090306) / プラスミド: PVP 33K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q5EAQ1
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (7% PEG 4K, 0.40 M sodium ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (7% PEG 4K, 0.40 M sodium chloride, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5) CRYOPROTECTED WITH 10% PEG 4K, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5, 25% Ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING SECOND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.612 Å / Num. obs: 39789 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.458 / Net I/σ(I): 13.377
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.92-1.995.40.2455.76938951.23395.5
1.99-2.076.30.22239151.23497
2.07-2.166.50.16739311.22296.9
2.16-2.286.40.13639431.18997
2.28-2.426.50.11739041.29696.4
2.42-2.616.50.10538811.41396.6
2.61-2.876.40.08939751.43897.3
2.87-3.286.50.06939921.71198.1
3.28-4.146.50.05741331.59599.6
4.14-40.617.10.05442202.062100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 39.72 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_100371242624
ANO_10.6441.739364680
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_18.4-39.7200392136
ISO_16.01-8.400755141
ISO_14.92-6.0100993145
ISO_14.27-4.92001167133
ISO_13.83-4.27001317136
ISO_13.5-3.83001488139
ISO_13.24-3.5001600132
ISO_13.03-3.24001735131
ISO_12.86-3.03001800124
ISO_12.71-2.86001930120
ISO_12.59-2.71002015118
ISO_12.48-2.59002132134
ISO_12.38-2.48002168128
ISO_12.29-2.38002264121
ISO_12.22-2.29002402130
ISO_12.15-2.22002403129
ISO_12.08-2.15002531127
ISO_12.02-2.08002615136
ISO_11.97-2.02002704129
ISO_11.92-1.97002713135
ANO_18.4-39.720.4942.4253920
ANO_16.01-8.40.3473.7977550
ANO_14.92-6.010.4113.2279930
ANO_14.27-4.920.5312.40811660
ANO_13.83-4.270.5692.22413110
ANO_13.5-3.830.5362.22714660
ANO_13.24-3.50.5432.24415700
ANO_13.03-3.240.5482.30816940
ANO_12.86-3.030.5332.33717580
ANO_12.71-2.860.5972.06518810
ANO_12.59-2.710.5981.93419650
ANO_12.48-2.590.6321.72220940
ANO_12.38-2.480.6611.59821420
ANO_12.29-2.380.711.45622370
ANO_12.22-2.290.7711.23223630
ANO_12.15-2.220.7861.20523690
ANO_12.08-2.150.8031.0825070
ANO_12.02-2.080.8440.9625900
ANO_11.97-2.020.8520.86226470
ANO_11.92-1.970.8960.73925680
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1103.773-18.09918.977SE24.281.19
242.959-23.54917.219SE201.16
3121.96715.6111.601SE19.371.07
4133.903-20.75616.55SE26.221.01
553.422-6.20717.148SE35.011.01
626.294-515.713SE32.810.92
7125.34214.37812.89SE14.210.68
846.3696.02415.967SE18.390.64
949.154-1.53515.586SE15.970.55
10128.01113.93420.482SE13.120.35
1143.995.39118.714SE14.720.44
12122.906-23.91113.509SE11.60.37
13128.8598.43615.017SE19.610.33
1449.873.95410.12SE17.850.24
15128.9399.0918.781SE22.420.13
1659.389-25.6748.552SE22.420.06
17108.9920.0929.395SE27.20.22
1848.6721.44510.151SE20.20.11
19112.3062.56321.624SE20.20.1
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 39747
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.58-10066.30.764507
6.62-8.5862.60.898567
5.59-6.6256.60.894699
4.92-5.5957.50.926794
4.45-4.9253.50.935844
4.09-4.4559.40.939935
3.81-4.0956.40.9341042
3.58-3.8157.80.921116
3.38-3.5859.70.9281122
3.22-3.3857.50.9151225
3.07-3.2259.50.9291257
2.95-3.0757.40.9131277
2.84-2.9557.70.921390
2.74-2.8457.90.9161348
2.65-2.7458.70.9171480
2.56-2.6559.40.9161457
2.49-2.56580.9151553
2.42-2.4959.60.9111510
2.36-2.4260.30.9151659
2.3-2.3659.90.9121609
2.25-2.363.30.9021697
2.2-2.2561.70.9121739
2.15-2.264.70.911742
2.1-2.1563.50.9021849
2.06-2.168.10.8931799
2.02-2.0669.20.8751883
1.99-2.02690.8691920
1.92-1.9973.20.8053727

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX(HYSS)位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→40.612 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.255 / WRfactor Rwork: 0.207 / SU B: 6.887 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1998 5.024 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.192 ---
obs0.192 39773 97.423 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 8.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.771 Å20 Å2-0.37 Å2
2---0.237 Å20 Å2
3----0.537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 2 418 3857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.9734763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8535429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12424.696181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16215687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6821526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22491
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3370.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.52190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.123420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00131513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9914.51341
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1715 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.270.5
MEDIUM THERMAL0.522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.9690.2771200.2312729298995.316
1.969-2.0230.2551400.2042705292797.198
2.023-2.0820.2571360.2072619284596.837
2.082-2.1460.2791240.1922543277896.004
2.146-2.2160.2251230.192416260897.354
2.216-2.2940.281370.1872401262396.759
2.294-2.3810.2531260.1932263248096.331
2.381-2.4780.251080.1952195238596.562
2.478-2.5880.2531220.1992152235196.725
2.588-2.7140.2361030.2082035221396.611
2.714-2.8610.241160.1931943210897.676
2.861-3.0350.2621020.1871817197297.312
3.035-3.2440.225960.1931772189698.523
3.244-3.5040.194670.1761666174699.255
3.504-3.8380.255820.1731529161599.752
3.838-4.2910.216890.16913741463100
4.291-4.9540.197820.16412281310100
4.954-6.0660.241470.19810761123100
6.066-8.5720.25430.221838881100
8.572-40.6120.158350.19947451299.414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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