PDB-2i2o: Crystal Structure of an eIF4G-like Protein from Danio rerio

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i2o

タイトル

Crystal Structure of an eIF4G-like Protein from Danio rerio

要素

eIF4G-like protein

キーワード

Structural genomics / unknown function / eIF4G-like protein / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

histone mRNA stem-loop binding complex / cap-dependent translational initiation / translation activator activity / regulation of translational initiation / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of an eIF4G-like protein from Danio rerio.
著者: Bae, E. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	5d3d-d 4fs7-d 3el6-1 3ury-5 1dab-d 4ad7-1 4b7l-1 6nhl-1 3pv6-d 3bct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.79294

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: eIF4G-like protein

B: eIF4G-like protein

ヘテロ分子

52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	317.796, 40.948, 40.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.260, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 9 - 217 / Label seq-ID: 11 - 219

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	eIF4G-like protein 分子量: 26153.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: Dr.38751 (BC090306) / プラスミド: PVP 33K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q5EAQ1
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (7% PEG 4K, 0.40 M sodium ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (7% PEG 4K, 0.40 M sodium chloride, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5) CRYOPROTECTED WITH 10% PEG 4K, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5, 25% Ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (7% PEG 4K, 0.40 M sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97925 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING SECOND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97925 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.92→40.612 Å / Num. obs: 39789 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.458 / Net I/σ(I): 13.377

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.92-1.99	5.4	0.245	5.769	3895	1.233	95.5
1.99-2.07	6.3	0.222		3915	1.234	97
2.07-2.16	6.5	0.167		3931	1.222	96.9
2.16-2.28	6.4	0.136		3943	1.189	97
2.28-2.42	6.5	0.117		3904	1.296	96.4
2.42-2.61	6.5	0.105		3881	1.413	96.6
2.61-2.87	6.4	0.089		3975	1.438	97.3
2.87-3.28	6.5	0.069		3992	1.711	98.1
3.28-4.14	6.5	0.057		4133	1.595	99.6
4.14-40.61	7.1	0.054		4220	2.062	100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 39.72 Å / Power centric: 0

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	37124	2624
ANO_1	0.644	1.739	36468	0

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	8.4-39.72	0	0	392	136
ISO_1	6.01-8.4	0	0	755	141
ISO_1	4.92-6.01	0	0	993	145
ISO_1	4.27-4.92	0	0	1167	133
ISO_1	3.83-4.27	0	0	1317	136
ISO_1	3.5-3.83	0	0	1488	139
ISO_1	3.24-3.5	0	0	1600	132
ISO_1	3.03-3.24	0	0	1735	131
ISO_1	2.86-3.03	0	0	1800	124
ISO_1	2.71-2.86	0	0	1930	120
ISO_1	2.59-2.71	0	0	2015	118
ISO_1	2.48-2.59	0	0	2132	134
ISO_1	2.38-2.48	0	0	2168	128
ISO_1	2.29-2.38	0	0	2264	121
ISO_1	2.22-2.29	0	0	2402	130
ISO_1	2.15-2.22	0	0	2403	129
ISO_1	2.08-2.15	0	0	2531	127
ISO_1	2.02-2.08	0	0	2615	136
ISO_1	1.97-2.02	0	0	2704	129
ISO_1	1.92-1.97	0	0	2713	135
ANO_1	8.4-39.72	0.494	2.425	392	0
ANO_1	6.01-8.4	0.347	3.797	755	0
ANO_1	4.92-6.01	0.411	3.227	993	0
ANO_1	4.27-4.92	0.531	2.408	1166	0
ANO_1	3.83-4.27	0.569	2.224	1311	0
ANO_1	3.5-3.83	0.536	2.227	1466	0
ANO_1	3.24-3.5	0.543	2.244	1570	0
ANO_1	3.03-3.24	0.548	2.308	1694	0
ANO_1	2.86-3.03	0.533	2.337	1758	0
ANO_1	2.71-2.86	0.597	2.065	1881	0
ANO_1	2.59-2.71	0.598	1.934	1965	0
ANO_1	2.48-2.59	0.632	1.722	2094	0
ANO_1	2.38-2.48	0.661	1.598	2142	0
ANO_1	2.29-2.38	0.71	1.456	2237	0
ANO_1	2.22-2.29	0.771	1.232	2363	0
ANO_1	2.15-2.22	0.786	1.205	2369	0
ANO_1	2.08-2.15	0.803	1.08	2507	0
ANO_1	2.02-2.08	0.844	0.96	2590	0
ANO_1	1.97-2.02	0.852	0.862	2647	0
ANO_1	1.92-1.97	0.896	0.739	2568	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	103.773	-18.099	18.977	SE	24.28	1.19
2	42.959	-23.549	17.219	SE	20	1.16
3	121.967	15.611	1.601	SE	19.37	1.07
4	133.903	-20.756	16.55	SE	26.22	1.01
5	53.422	-6.207	17.148	SE	35.01	1.01
6	26.294	-5	15.713	SE	32.81	0.92
7	125.342	14.378	12.89	SE	14.21	0.68
8	46.369	6.024	15.967	SE	18.39	0.64
9	49.154	-1.535	15.586	SE	15.97	0.55
10	128.011	13.934	20.482	SE	13.12	0.35
11	43.99	5.391	18.714	SE	14.72	0.44
12	122.906	-23.911	13.509	SE	11.6	0.37
13	128.859	8.436	15.017	SE	19.61	0.33
14	49.87	3.954	10.12	SE	17.85	0.24
15	128.939	9.09	18.781	SE	22.42	0.13
16	59.389	-25.674	8.552	SE	22.42	0.06
17	108.99	20.09	29.395	SE	27.2	0.22
18	48.672	1.445	10.151	SE	20.2	0.11
19	112.306	2.563	21.624	SE	20.2	0.1

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 39747

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.58-100	66.3	0.764	507
6.62-8.58	62.6	0.898	567
5.59-6.62	56.6	0.894	699
4.92-5.59	57.5	0.926	794
4.45-4.92	53.5	0.935	844
4.09-4.45	59.4	0.939	935
3.81-4.09	56.4	0.934	1042
3.58-3.81	57.8	0.92	1116
3.38-3.58	59.7	0.928	1122
3.22-3.38	57.5	0.915	1225
3.07-3.22	59.5	0.929	1257
2.95-3.07	57.4	0.913	1277
2.84-2.95	57.7	0.92	1390
2.74-2.84	57.9	0.916	1348
2.65-2.74	58.7	0.917	1480
2.56-2.65	59.4	0.916	1457
2.49-2.56	58	0.915	1553
2.42-2.49	59.6	0.911	1510
2.36-2.42	60.3	0.915	1659
2.3-2.36	59.9	0.912	1609
2.25-2.3	63.3	0.902	1697
2.2-2.25	61.7	0.912	1739
2.15-2.2	64.7	0.91	1742
2.1-2.15	63.5	0.902	1849
2.06-2.1	68.1	0.893	1799
2.02-2.06	69.2	0.875	1883
1.99-2.02	69	0.869	1920
1.92-1.99	73.2	0.805	3727

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL		data processing
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL		データスケーリング
PHENIX	(HYSS)	位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.92→40.612 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.255 / WR_factor R_work: 0.207 / SU B: 6.887 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1998	5.024 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	0.192	39773	97.423 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.771 Å²	0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	-0.237 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.537 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3437	0	2	418	3857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.973	4763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.853	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.124	24.696	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.162	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.682	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.135	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.337	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.1	2	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.001	3	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.991	4.5	1341

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1715 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
MEDIUM THERMAL	0.52	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.92-1.969	0.277	120	0.231	2729	2989	95.316
1.969-2.023	0.255	140	0.204	2705	2927	97.198
2.023-2.082	0.257	136	0.207	2619	2845	96.837
2.082-2.146	0.279	124	0.192	2543	2778	96.004
2.146-2.216	0.225	123	0.19	2416	2608	97.354
2.216-2.294	0.28	137	0.187	2401	2623	96.759
2.294-2.381	0.253	126	0.193	2263	2480	96.331
2.381-2.478	0.25	108	0.195	2195	2385	96.562
2.478-2.588	0.253	122	0.199	2152	2351	96.725
2.588-2.714	0.236	103	0.208	2035	2213	96.611
2.714-2.861	0.24	116	0.193	1943	2108	97.676
2.861-3.035	0.262	102	0.187	1817	1972	97.312
3.035-3.244	0.225	96	0.193	1772	1896	98.523
3.244-3.504	0.194	67	0.176	1666	1746	99.255
3.504-3.838	0.255	82	0.173	1529	1615	99.752
3.838-4.291	0.216	89	0.169	1374	1463	100
4.291-4.954	0.197	82	0.164	1228	1310	100
4.954-6.066	0.241	47	0.198	1076	1123	100
6.066-8.572	0.25	43	0.221	838	881	100
8.572-40.612	0.158	35	0.199	474	512	99.414

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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