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万見
- PDB-2i27: Crystal Structure Analysis of the Nurse Shark New Antigen Recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i27
タイトルCrystal Structure Analysis of the Nurse Shark New Antigen Receptor Ancestral variable domain
要素New Antigen Receptor Ancestral
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / peptide antigen binding / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding.
著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Verdino, P. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN RECEPTOR ANCESTRAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: New Antigen Receptor Ancestral
O: New Antigen Receptor Ancestral


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5892
ポリマ－26,5892
非ポリマー00
水1,45981
1
N: New Antigen Receptor Ancestral


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2941
ポリマ－13,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: New Antigen Receptor Ancestral


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2941
ポリマ－13,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.423, 61.398, 103.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 New Antigen Receptor Ancestral


分子量: 13294.453 Da / 分子数: 2 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
プラスミド: pims100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): xl1-blue / 参照: UniProt: Q8JGJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 4000, 0.1M hepes, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979454 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979454 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 15147 / Num. obs: 15147 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5075 / Rsym value: 0.664 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 10.164 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28052 730 4.8 %RANDOM
Rwork0.21692 ---
obs0.21996 14355 99.77 %-
all-14355 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 0 81 1730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.9532251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.0032737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9755213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04424.47476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91715290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2171514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2991.51406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2951.5446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66121719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6793759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2394.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 61 -
Rwork0.276 1044 -
obs-1044 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7667-1.0994-0.50454.9611-0.63094.3332-0.08430.15780.18810.16470.0213-0.3333-0.0827-0.00760.0629-0.2314-0.0435-0.0074-0.1661-0.0141-0.135335.524930.820939.8101
25.57821.91081.95053.86742.64026.51890.29650.05360.22350.4869-0.1696-0.10130.4356-0.0298-0.1269-0.1193-0.05370.0149-0.20340.0105-0.163330.26366.015438.0917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1NA2 - 1142 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2OB2 - 1132 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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