PDB-2i25: Crystal structure analysis of the nurse shark New antigen Recepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i25

タイトル

Crystal structure analysis of the nurse shark New antigen Receptor PBLA8 variable domain in complex with lysozyme

要素

Lysozyme C
New Antigen Receptor PBLA8

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / protein-protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T cell receptor complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / peptide antigen binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding
著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Verdino, P. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2006年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i25.cif.gz	106.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i25.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i25_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i25_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	2i25_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	2i25_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i24C 2i26C 2i27C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t7j-2 3t7j-3 2i26-3 4eiz-1 4tps-1 3t7k-3 3t7k-2 4yhd-4 4tps-2 2iwe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

N: New Antigen Receptor PBLA8

L: Lysozyme C

O: New Antigen Receptor PBLA8

M: Lysozyme C

55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

N: New Antigen Receptor PBLA8

L: Lysozyme C

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

O: New Antigen Receptor PBLA8

M: Lysozyme C

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.979, 82.719, 107.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	New Antigen Receptor PBLA8 分子量: 13437.806 Da / 分子数: 2 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ) プラスミド: pims100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): xl1-blue / 参照: UniProt: Q8AXH5
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 38% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→33.71 Å / Num. all: 60320 / Num. obs: 60320 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.3 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4524 / R_sym value: 0.535 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→33.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.378 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21083	3041	5 %	RANDOM
R_work	0.18532	-	-	-
obs	0.18664	57232	100 %	-
all	-	57232	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3784	0	0	317	4101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.922	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.006	3.008	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.379	5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.627	22.781	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.79	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.69	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.074	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.398	1.5	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.364	1.5	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.687	2	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.808	3	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.922	4.5	1385

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	238	-
R_work	0.222	4270	-
obs	-	4270	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2609	0.1888	-1.2084	2.8176	0.2602	1.724	-0.0422	-0.1135	0.0922	0.271	0.1092	0.1695	0.0248	-0.0951	-0.067	-0.1009	0.0107	0.0216	-0.1585	-0.003	-0.1471	38.1873	36.2836	85.914
2	2.7553	-0.166	-1.5814	3.1454	1.242	3.2292	0.123	-0.3612	0.4335	0.1295	0.0974	-0.4024	-0.1851	0.5693	-0.2204	-0.1435	-0.0562	0.0014	0.0109	-0.0741	0.0565	66.4622	44.1239	71.9154
3	1.745	-0.0193	2.2874	1.7922	-0.7129	5.8087	0.1098	-0.1244	-0.1964	0.1138	0.066	-0.0811	0.21	0.0367	-0.1758	-0.1477	0.0006	-0.0122	-0.1653	-0.0004	-0.1345	42.5569	15.0887	80.3406
4	2.5673	1.1276	1.737	2.258	1.0383	3.4379	-0.2024	0.2608	0.1391	-0.3359	0.1204	0.1501	-0.5025	0.0137	0.082	-0.1045	-0.0136	-0.0256	-0.1123	0.0225	-0.1636	29.4558	24.0599	50.9128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	N	A	2 - 115	2 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	B	1 - 129	1 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	O	C	2 - 118	2 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	M	D	1 - 129	1 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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