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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i1s
タイトルCrystal Structure of Protein of Unknown Function MM3350 from Methanosarcina mazei Go1
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Methanosarcina mazei / MAD / PSI-2 / MCSG / Hypothetical protein / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性MM3350-like / Plasmid pRiA4b, Orf3 / MM3350-like superfamily / Plasmid pRiA4b ORF-3-like protein / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Roll / Alpha Beta / Plasmid pRiA4b Orf3-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nocek, B. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein MM_3350 from Methanosarcina mazei Go1
著者: Nocek, B. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9132
ポリマ-43,9132
非ポリマー00
2,828157
1
A: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9571
ポリマ-21,9571
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9571
ポリマ-21,9571
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.421, 90.577, 107.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRAA4 - 1884 - 188
2LYSLYSBB2 - 1882 - 188

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 21956.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / : Go1 / 遺伝子: MM_3350 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PRU3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate 20% isopropanol 20% PEG 4000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97936, 0.97953
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979361
20.979531
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 26240 / Num. obs: 26070 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.416 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.217 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24284 1328 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.1946 26070 --
obs0.19456 24692 93.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 0 157 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9614100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6875358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6124.967151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58415534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9151510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.51855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26322901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98831377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9364.51199
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / : 1427 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.370.5
medium thermal1.252
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 49 -
Rwork0.23 1163 -
obs--60.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.424-0.664-1.82711.44972.25413.80270.0264-0.1441-0.17590.1206-0.03970.1185-0.22390.12550.01330.1972-0.02540.02680.0240.0494-0.026513.83290.098726.0877
22.5568-1.12552.66793.73351.09844.3789-0.1415-0.12060.21180.33170.0210.272-0.6617-0.15910.12050.1527-0.01350.04050.07370.03490.04453.715812.346521.4039
32.97851.1487-0.01644.8762-0.88757.54490.0390.1328-0.0906-0.2343-0.06070.1914-0.0609-0.03030.02170.0993-0.02070.0209-0.02410.026-0.02728.8995.039113.0797
41.45352.0972-1.02314.948910.247713.0329-0.26690.3018-0.1879-0.0716-0.29451.83210.5307-1.19550.5614-0.0144-0.25860.09320.39760.02450.4347-9.8641-0.70821.7918
539.258-5.6725-10.897431.321-6.9895.42920.56542.9061-0.2226-5.3828-0.48692.05531.7514-3.2128-0.07850.7153-0.066-0.30750.32660.06190.3875-5.81974.70348.3222
67.8581-1.56912.69928.752-2.70699.72010.0091-0.59590.3890.72360.34141.0289-0.5516-1.4-0.35040.0456-0.02620.1280.1583-0.01020.1484-5.74647.705723.5179
73.5248-1.8188-3.04141.79423.30576.1475-0.10620.1437-0.3812-0.0414-0.38280.52830.6012-0.26370.4890.1405-0.11760.00550.10330.03230.02596.5234-0.59415.3894
83.2699-1.71380.09664.80923.44747.1544-0.0122-0.47260.02390.465-0.20110.41640.0615-0.55850.21330.1627-0.0640.13770.0552-0.01990.01934.78517.051428.0075
95.5449-1.81320.29144.59510.38452.11940.122-0.25110.64710.5094-0.2886-0.0176-0.5080.3460.16660.3387-0.1070.0263-0.0229-0.0088-0.005912.490614.531928.1126
104.9505-2.4340.65373.9447-6.696514.8759-0.2073-0.0013-0.1181-0.32840.37330.20560.7082-0.2579-0.16590.1217-0.04990.00660.12910.0648-0.080918.5084-3.469814.5961
1132.0811-0.8409-2.95834.8582-5.573222.07840.0147-1.4604-0.8170.0555-0.4519-0.04561.24720.75970.43730.13780.08-0.03460.06430.1157-0.155127.3231-7.442318.5918
1283.3456-35.224924.450830.22666.662938.24350.96980.0674-2.93481.0724-0.3438-0.42492.74932.4382-0.6260.06660.15110.14430.11170.1967-0.048735.7151-10.39314.5088
1313.5522-8.5809-2.683218.0062-5.810.40380.2777-0.2714-0.04710.0757-0.2596-0.39420.24611.5703-0.0181-0.01860.07370.02490.12910.0603-0.200631.4014-1.116711.505
148.7584-6.5933-0.8515.02840.12264.2150.12150.11950.6916-0.46860.0967-0.1893-0.0550.4734-0.21820.0992-0.1298-0.01450.02870.04920.007122.154710.238122.9475
1531.97092.0811-6.718221.1305-0.28041.4129-0.15522.1073-0.4265-1.04360.21090.3473-0.16020.8524-0.0557-0.1357-0.0551-0.03380.1230.02-0.123138.855117.9824-0.6302
1633.11114.3917-4.38372.81812.06073.70310.3046-0.9768-1.19981.3497-0.4009-0.1446-0.0808-0.03780.09630.0076-0.0358-0.0247-0.02610.0407-0.01429.003213.81845.2502
170.9956-1.29681.4162.5134-0.65813.72150.0905-0.3228-0.0303-0.01520.14740.29980.3957-0.1737-0.23790.1009-0.10080.01040.22770.0306-0.048414.80072.457-1.0677
181.2894-0.8231-0.7890.52550.50370.4828-0.09870.0716-0.20510.43510.0684-0.35020.41150.02390.03030.1305-0.0755-0.04620.19320.0208-0.042324.49174.7571.0758
191.4579-0.35220.58810.3859-0.19011.6325-0.0557-0.05490.04290.0118-0.0859-0.00890.26460.25270.14160.0602-0.0350.02530.1244-0.0004-0.054927.743711.9405-7.5568
203.09492.2425-1.6085.39321.22522.6952-0.12010.1641-0.0585-0.4750.03880.13030.12110.13710.08130.0685-0.06710.00390.0793-0.0199-0.078320.7496.6117-14.1782
217.6366-6.8284-1.4987.16251.28690.29650.2272-0.12930.186-0.56090.0789-0.2158-0.1542-0.4266-0.3061-0.05120.02350.03120.0103-0.0178-0.02415.434824.3014-5.4574
2267.081-7.7198-20.58122.98878.109422.0063-0.68215.77694.9912-1.2222-1.0720.148-2.2852-0.5961.75410.5676-0.0334-0.14470.31670.21690.167219.919221.344-20.1222
237.3816-0.7365-4.02584.3931-1.968320.219-0.044-0.41540.6881-0.12980.1572-0.0508-0.49330.5126-0.1132-0.063-0.0324-0.0359-0.0928-0.0411-0.111721.958420.9819-4.6973
241.91810.58082.53241.96632.21665.3405-0.2729-0.00270.2637-0.0665-0.10050.23970.3631-0.21170.37340.0838-0.0857-0.00450.0847-0.0129-0.065415.35518.0518-8.8833
2524.75075.45761.86434.22283.0722.48550.6245-1.1641-0.76280.5681-0.6113-0.34430.329-0.5658-0.0132-0.0376-0.0201-0.03920.14910.0596-0.182531.046812.99948.0829
263.00523.99851.80057.79732.2382.0518-0.00570.04-0.48010.25280.0672-0.53640.56280.0399-0.06150.10330.0227-0.00790.04910.0194-0.06729.62822.6670.5277
278.19518.6446-2.35439.4155-0.634712.1904-0.00850.33070.0654-0.3755-0.09810.09520.3226-0.71440.10670.3251-0.1776-0.0149-0.0313-0.014-0.114612.1448-3.1737-13.0294
2812.46533.4611-6.385112.79934.185513.6733-0.6455-0.17340.23270.5930.0610.96751.3837-0.40750.58450.4749-0.2163-0.0730.12870.1105-0.0269.3566-11.8491-9.9702
2914.936911.35220.810911.8382.2025.3664-0.36710.1833-1.1846-0.31760.4089-1.04120.7870.0833-0.04180.21540.06640.1231-0.0301-0.0078-0.053726.0211-6.727-3.6248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 2412 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2AA25 - 4325 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3AA44 - 5644 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4AA57 - 6757 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5AA68 - 8368 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6AA84 - 9984 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7AA100 - 109100 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8AA110 - 124110 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9AA125 - 139125 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10AA140 - 150140 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11AA151 - 158151 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12AA159 - 164159 - 164
13X-RAY DIFFRACTION13AA165 - 174165 - 174
14X-RAY DIFFRACTION14AA175 - 188175 - 188
15X-RAY DIFFRACTION15BB2 - 62 - 6
16X-RAY DIFFRACTION16BB7 - 107 - 10
17X-RAY DIFFRACTION17BB11 - 2111 - 21
18X-RAY DIFFRACTION18BB22 - 2922 - 29
19X-RAY DIFFRACTION19BB30 - 4430 - 44
20X-RAY DIFFRACTION20BB45 - 5645 - 56
21X-RAY DIFFRACTION21BB57 - 6857 - 68
22X-RAY DIFFRACTION22BB69 - 7969 - 79
23X-RAY DIFFRACTION23BB80 - 10080 - 100
24X-RAY DIFFRACTION24BB101 - 117101 - 117
25X-RAY DIFFRACTION25BB118 - 124118 - 124
26X-RAY DIFFRACTION26BB125 - 140125 - 140
27X-RAY DIFFRACTION27BB141 - 150141 - 150
28X-RAY DIFFRACTION28BB151 - 174151 - 174
29X-RAY DIFFRACTION29BB175 - 188175 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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