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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i1a | ||||||
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タイトル | A Retroviral Protease-Like Domain in the Eukaryotic Protein Ddi1 | ||||||
![]() | DNA damage-inducible protein DDI1 | ||||||
![]() | PROTEIN TURNOVER / acid protease fold / dimer / retroviral protease domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein secretion / polyubiquitin modification-dependent protein binding / vesicle-mediated transport / SNARE binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity ...proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein secretion / polyubiquitin modification-dependent protein binding / vesicle-mediated transport / SNARE binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fass, D. / Sirkis, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ddi1, a eukaryotic protein with the retroviral protease fold. 著者: Sirkis, R. / Gerst, J.E. / Fass, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer (chains A and B or chains C and D) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16736.473 Da / 分子数: 4 / 断片: retroviral protease-like domain, residues 180-325 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DDI1, VSM1 / プラスミド: pAED4, pET3 derivative / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: 10 mM potassium phosphate, 1% dioxane, 12.5-22.5% PEG2000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月29日 / 詳細: osmic mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→39.96 Å / Num. all: 24696 / Num. obs: 24391 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 18.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.96 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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