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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i0q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a telomere single-strand DNA-protein complex from O. nova with full-length alpha and beta telomere proteins | ||||||
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![]() | structural protein/DNA / SINGLE STRAND DNA-PROTEIN COMPLEX / structural protein-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() telomere cap complex / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / protein-containing complex / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horvath, M.P. / Buczek, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural reorganization and the cooperative binding of single-stranded telomere DNA in Sterkiella nova. 著者: Buczek, P. / Horvath, M.P. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the Oxytricha nova telomere end binding protein complexed with single strand DNA 著者: Horvath, M.P. / Schweiker, V.L. / Bevilacqua, J.M. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C. #2: ![]() タイトル: DNA G-quartets in a 1.86 A resolution structure of an Oxytricha nova telomeric protein-DNA complex 著者: Horvath, M.P. / Schultz, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jb7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-DNA鎖 , 1種, 1分子 D
#1: DNA鎖 | 分子量: 3476.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: 3'-terminal single strand DNA fragment from Oxytricha nova (Sterkiella nova) macronuclear telomeres |
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-Telomere-binding protein ... , 2種, 2分子 AB
#2: タンパク質 | 分子量: 56168.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 41527.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 315分子 




#4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 21% (w/v) PEG-4000, 10% (v/v) ethylene glycol, 1.5 M sodium chloride, 40 mM MES, 2 mM DTT, 0.02% sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 5.75, temperature 277.15K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 86086 / Num. obs: 85120 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 38.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JB7 解像度: 1.91→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Maximum likelihood refinement with intensities as target function (mli)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS SOLVE / Bsol: 30.2205 Å2 / ksol: 0.320563 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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