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- PDB-2hzp: Crystal Structure of Homo Sapiens Kynureninase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzp
タイトルCrystal Structure of Homo Sapiens Kynureninase
要素Kynureninaseキヌレニナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / kynureninase (キヌレニナーゼ) / kynurenine (キヌレニン) / hydroxykynurenine / PLP / pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸) / quinolinic acid (キノリン酸) / hydroxyanthranilate / 3-hydroxyanthranilate (3-ヒドロキシアントラニル酸) / vitamin B6 (ビタミンB6) / NAD / quinolinate (キノリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxykynureninase activity / キヌレニナーゼ / kynureninase activity / response to vitamin B6 / L-kynurenine catabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / tryptophan catabolic process to kynurenine / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process ...3-hydroxykynureninase activity / キヌレニナーゼ / kynureninase activity / response to vitamin B6 / L-kynurenine catabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / tryptophan catabolic process to kynurenine / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / NAD biosynthetic process / response to type II interferon / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
キヌレニナーゼ / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...キヌレニナーゼ / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピリドキサールリン酸 / キヌレニナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lima, S. / Khristoforov, R. / Momany, C. / Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Homo sapiens Kynureninase.
著者: Lima, S. / Khristoforov, R. / Momany, C. / Phillips, R.S.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynureninase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8232
ポリマ－56,5761
非ポリマー2471
水9,728540
1
A: Kynureninase
ヘテロ分子

A: Kynureninase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6464
ポリマ－113,1522
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.117, 76.838, 93.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer that can be generated by applying the crystallographic symmetry operator -X, Y, -Z to the monomer.

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要素

#1: タンパク質 Kynureninase / キヌレニナーゼ / L-kynurenine hydrolase


分子量: 56575.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KYNU / プラスミド: pCRT7OHKYN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16719, キヌレニナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: A 9.2 mg/ml kynureninase solution in 50 mM HEPES pH 5.2, 0.2 mM PLP was mixed in equal parts with 0.1 M Tris-Cl pH 8.0, 0.05 M MgCl2, 25% PEG 3000, Microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→88.39 Å / Num. obs: 33266 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.969 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 24.68
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 5.046 / Num. unique all: 3279 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZ9

1qz9


解像度: 2→88.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.997 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19534 1683 5.1 %RANDOM, 5%
Rwork0.14986 ---
obs0.15217 31583 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å2-1.44 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→88.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 15 540 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1351.9714962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4185447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40724.286161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0415645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3971516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.89522308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6753605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18371553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.688101357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 117 -
Rwork0.186 2269 -
obs-3279 94.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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