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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hzk | ||||||
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タイトル | Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a TRAP transporter in its open form | ||||||
要素 | TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM | ||||||
キーワード | LIGAND BINDING / TRANSPORT PROTEIN / TRAP Transporter / periplasmic subunit | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / carboxylic acid transport / organic acid binding / transmembrane transport / periplasmic space / protein homodimerization activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gonin, S. / Arnoux, P. / Pierru, B. / Alonso, B. / Sabaty, M. / Pignol, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding. 著者: Gonin, S. / Arnoux, P. / Pierru, B. / Lavergne, J. / Alonso, B. / Sabaty, M. / Pignol, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hzk.cif.gz | 279.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hzk.ent.gz | 235.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hzk_validation.pdf.gz | 468.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hzk_full_validation.pdf.gz | 482.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hzk_validation.xml.gz | 54.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hzk_validation.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/2hzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/2hzk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40488.070 Da / 分子数: 4 / 断片: SkaP / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 生物種: Rhodobacter sphaeroides / 株: ATCC 17023 / プラスミド: pET101 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3J1R2 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 100 mM sodium citrate 1.5M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97940,0.97960,0.97565 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→60 Å / Num. all: 177747 / Num. obs: 175128 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å / % possible all: 95.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM centric: 0.69 / Reflection centric: 4984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.167 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→60 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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