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- PDB-2hzk: Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzk
タイトルCrystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a TRAP transporter in its open form
要素TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
キーワードLIGAND BINDING / TRANSPORT PROTEIN / TRAP Transporter / periplasmic subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / carboxylic acid transport / organic acid binding / transmembrane transport / periplasmic space / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-keto acid binding periplasmic protein / Solute binding protein, TakP-like / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Alpha-keto acid binding periplasmic protein / Solute binding protein, TakP-like / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-keto acid-binding periplasmic protein TakP
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gonin, S. / Arnoux, P. / Pierru, B. / Alonso, B. / Sabaty, M. / Pignol, D.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
著者: Gonin, S. / Arnoux, P. / Pierru, B. / Lavergne, J. / Alonso, B. / Sabaty, M. / Pignol, D.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
B: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
C: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
D: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,3218
ポリマ－161,9524
非ポリマー3684
水13,169731
1
A: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
B: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1604
ポリマ－80,9762
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
2
C: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
D: TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1604
ポリマ－80,9762
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.505, 63.826, 127.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer

-
要素

#1: タンパク質
TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM


分子量: 40488.070 Da / 分子数: 4 / 断片: SkaP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
生物種: Rhodobacter sphaeroides / 株: ATCC 17023 / プラスミド: pET101 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3J1R2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 100 mM sodium citrate 1.5M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97940,0.97960,0.97565
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.975651
反射解像度: 1.7→60 Å / Num. all: 177747 / Num. obs: 175128 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→1.71 Å / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97947.32-8.57
13 wavelength20.97963.38-10.38
13 wavelength30.97574.2-4.85
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se14.6250.7380.50.090.724
2Se15.990.6120.3930.3261.048
3Se12.740.3620.890.2470.901
4Se14.0730.7970.5530.2020.874
5Se16.0050.6920.6370.330.812
6Se14.2280.2930.8130.3970.723
7Se14.3170.8520.3820.2140.969
8Se18.2470.0510.8850.1580.73
9Se19.8610.7290.5440.390.951
10Se18.930.610.5820.2750.866
11Se23.1980.0820.8910.0950.583
12Se25.0530.8260.3880.4770.758
13Se13.4490.7360.7450.2560.856
14Se15.420.2790.9820.1770.998
15Se23.9290.0880.9890.2820.839
16Se24.2960.1310.1230.0330.671
17Se21.070.6840.8520.1660.848
18Se21.3680.0630.7530.2440.923
19Se26.2330.6390.4380.4620.964
20Se12.9910.7310.2790.2920.62
21Se21.1860.3170.8560.0980.9
22Se21.4340.0740.0150.2070.837
23Se21.0390.140.1090.140.987
24Se18.0340.7910.2550.2230.767
25Se21.5150.330.7380.2690.856
26Se15.7390.2240.7360.290.785
27Se31.3170.040.8150.3460.916
28Se32.4190.6490.8260.1570.89
29Se20.920.8530.2220.3740.621
30Se34.060.6070.8760.1710.807
31Se30.4780.0370.7560.3390.802
32Se27.1570.9860.8620.3330.692
33Se30.590.60.630.2030.758
34Se28.8590.6680.3670.4420.748
35Se41.7970.8360.3260.0161.005
36Se22.8790.5890.6410.0730.497
37Se24.990.6420.3230.4270.564
38Se36.4760.0520.0860.0070.694
39Se37.5670.1090.0680.0230.693
Phasing dmFOM centric: 0.69 / Reflection centric: 4984
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-19.9680.950.950.8947884218570
3.6-5.70.950.950.881471213753959
2.9-3.60.880.890.771843017540890
2.5-2.90.80.810.651851517762753
2.1-2.50.690.690.5632885317181167
2-2.10.510.520.42040019755645

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 8721 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.18 177747 --
obs0.18 175128 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.167 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.3 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10511 0 24 731 11266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9314809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.57551349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01324.308506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.182151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.531536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.27485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.56860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.261210654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39334815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2964.54153
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 623 -
Rwork0.257 11753 -
obs-12376 94.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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