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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hzd | ||||||
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タイトル | NMR structure of the DNA-binding TEA domain and insights into TEF-1 function | ||||||
要素 | Transcriptional enhancer factor TEF-1 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / DNA-BINDING / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Anbanandam, A. / Veeraraghavan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Insights into transcription enhancer factor 1 (TEF-1) activity from the solution structure of the TEA domain. 著者: Anbanandam, A. / Albarado, D.C. / Nguyen, C.T. / Halder, G. / Gao, X. / Veeraraghavan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hzd.cif.gz | 656.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hzd.ent.gz | 552.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/2hzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/2hzd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9548.997 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL TEA DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28347 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: 3D TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.3 mM TEA U-15N, 13C, 100 mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 100 mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 5.85 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25 |