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- PDB-2hz1: The x-ray crystal structure of ferrous Synechocystis hemoglobin w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hz1
タイトルThe x-ray crystal structure of ferrous Synechocystis hemoglobin with a covalent linkage
要素Cyanoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Synechocystis / hemoglobin / heme / globin / ferrous / hexacoordinate / covalent heme vinyl link / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SULFUR DIOXIDE / SULFITE ION / Group 1 truncated hemoglobin GlbN
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoy, J.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Covalent heme attachment in Synechocystis hemoglobin is required to prevent ferrous heme dissociation
著者: Hoy, J.A. / Smagghe, B.J. / Halder, P. / Hargrove, M.S.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8077
ポリマ－13,7571
非ポリマー1,0506
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.662, 46.503, 62.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyanoglobin / Hemoglobin / Hb


分子量: 13757.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: glbN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73925

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非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-SO2 / SULFUR DIOXIDE


分子量: 64.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 31% PEG MME 5000, 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M cadmium chloride, 0.01 M sodium hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.27 Å / Num. all: 11443 / Num. obs: 11435 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.83 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.248
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.68 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1RTX

1rtx


解像度: 1.8→37.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.856 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 598 5 %RANDOM
Rwork0.18875 ---
all0.1912 11443 --
obs0.19117 11435 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 55 130 1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5962.0111417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95832100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3455122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2670.290
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7232962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.713436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1814.5455
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 44
Rwork0.251 823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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