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- PDB-4zhb: N-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhb
タイトルN-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 from Legionella pneumophila
要素
  • 5-mer peptide
  • Ankyrin repeat-containing protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ankyrin repeat-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Chang, C. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: N-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 from Legionella pneumophila
著者: Chang, C. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat-containing protein
B: 5-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1133
ポリマ－14,0542
非ポリマー591
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.708, 42.708, 145.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat-containing protein


分子量: 13537.802 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: legA11, lpg0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q5ZYD6
#2: タンパク質・ペプチド 5-mer peptide


分子量: 516.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: unknown poly peptide fragment taken with molecule 1 in the expression/purification step
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 34433 / Num. obs: 31841 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 2.685 / Net I/av σ(I): 53.105 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 405549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.327.50.8829511.14157.5
1.32-1.358.20.71110931.17664.6
1.35-1.378.80.67912281.17272.7
1.37-1.49.20.55614381.22387.3
1.4-1.4310.50.48116061.24994.6
1.43-1.4611.20.39816271.2996.7
1.46-1.5120.33616241.40496.7
1.5-1.5412.90.28116611.41697.1
1.54-1.5914.40.24916651.53797.3
1.59-1.6414.50.21116371.61197.3
1.64-1.714.40.18716601.80897.8
1.7-1.7614.40.15716701.92297.9
1.76-1.8414.40.13916752.24698.1
1.84-1.9414.30.11617002.64298.2
1.94-2.0614.30.08916873.23398.6
2.06-2.2214.20.07817263.69798.7
2.22-2.4514.10.06917224.08998.9
2.45-2.8140.06217584.82299.2
2.8-3.5313.70.04917985.11699.4
3.53-5012.20.04719156.00397.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→42.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.174 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1588 1619 5.1 %RANDOM
Rwork0.1261 ---
obs0.1277 30199 92.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.94 Å2 / Biso mean: 16.797 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数888 0 4 221 1113
Biso mean--29.22 33.02 -
残基数----109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.019990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9761349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9532194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4795120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2112650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91515172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.972152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9251.238472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9271.232471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2081.842594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.98831936
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.579539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.9452093
LS精密化 シェル解像度: 1.299→1.333 Å
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1682-0.0139-0.13170.2461-0.19510.52630.0013-0.01350.01720.01990.0022-0.0044-0.01530.0188-0.00350.0099-0.0002-0.00120.0111-0.0020.002322.14472.349120.7868
20.14790.0293-0.06550.2127-0.15330.18190.0037-0.0029-0.00370.0039-0.0093-0.00860.00110.01710.00560.0064-0.0012-0.00010.00950.0010.00225.7583-4.83712.9899
30.3643-0.1828-0.08130.5412-0.12920.08260.0015-0.018-00.02940.00010.0047-0.01090.0084-0.00160.0112-0.0005-0.00070.0104-00.000213.3329-2.222120.4925
40.0691-0.0136-0.05880.03950.06040.21380.00090.00350.0026-0.0031-0.00010.0017-0.0130.0036-0.00090.009-0.0004-0.00010.00950.00050.001515.92633.81548.4852
50.74060.091-0.02510.54220.23220.6837-0.00170.0145-0.0233-0.00280.0118-0.00070.0120.0132-0.01010.00720.0005-00.0082-0.00010.00116.0151-8.08599.7881
60.13060.02410.05110.23220.01480.0662-0.0011-0.00460.00140.0052-0.00030.007-0.0033-0.00640.00140.00850.00050.00060.01-0.00020.0015.18314.615112.4588
70.1669-0.1311-0.050.33970.04110.018-0.00160.0090.0014-0.00120.00130.0062-0.00340.00220.00030.01-0.0019-0.00160.01220.00080.00065.83075.11160.2957
80.3927-0.00460.00091.14740.36421.46620.00370.0083-0.01570.0060.0016-0.01260.0222-0.008-0.00530.0067-0.001-0.00170.00790.00050.00125.4297-4.82322.8188
91.2766-0.6491-0.60340.33010.30680.2852-0.0139-0.0124-0.01780.00740.00570.00880.00680.00490.00820.00850.0001-0.0010.01240.00350.0017-3.6221-0.21618.3487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4A49 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5A71 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6A77 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7A93 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8A105 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9A111 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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