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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hys | ||||||
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タイトル | Crystal structure of nitrophorin 2 complexed with cyanide | ||||||
要素 | Nitrophorin-2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / lipocalin / ferric heme / cyanide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Weichsel, A. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2007 タイトル: Assignment of the Ferriheme Resonances of the Low-Spin Complexes of Nitrophorins 1 and 4 by (1)H and (13)C NMR Spectroscopy: Comparison to Structural Data Obtained from X-ray Crystallography. 著者: Shokhireva, T.Kh. / Weichsel, A. / Smith, K.M. / Berry, R.E. / Shokhirev, N.V. / Balfour, C.A. / Zhang, H. / Montfort, W.R. / Walker, F.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of nitrophorin 2. A trifunctional antihemostatic protein from the saliva of Rhodnius prolixus. 著者: Andersen, J.F. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hys.cif.gz | 96.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hys.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hys_validation.pdf.gz | 802 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hys_full_validation.pdf.gz | 805.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hys_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hys_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hys | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1peeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20080.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q26241 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 89% saturated sodium citrate, 100 mM hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日 / 詳細: bent Si-mirror |
放射 | モノクロメーター: diamond (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→22 Å / Num. all: 42640 / Num. obs: 42640 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3225 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 1PEE 解像度: 1.2→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.701 / SU ML: 0.034 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Fe-CN distance restrained to 2.0 A
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.842 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.182 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20
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