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- PDB-2hyk: The crystal structure of an endo-beta-1,3-glucanase from alkaliph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyk
タイトルThe crystal structure of an endo-beta-1,3-glucanase from alkaliphilic Nocardiopsis sp.strain F96
要素Beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / family 16 / beta-jelly roll / bacterial endo-beta-1 / 3-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / Beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardiopsis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fibriansah, G. / Nakamura, S. / Kumasaka, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The 1.3 A crystal structure of a novel endo-beta-1,3-glucanase of glycoside hydrolase family 16 from alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96.
著者: Fibriansah, G. / Masuda, S. / Koizumi, N. / Nakamura, S. / Kumasaka, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of endo-beta-1,3-beta-glucanase from alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96
著者: Fibriansah, G. / Masuda, S. / Hirose, R. / Hamada, K. / Tanaka, N. / Nakamura, S. / Kumasaka, T.
履歴
登録2006年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6328
ポリマ－27,1271
非ポリマー5057
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.589, 71.843, 39.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucanase / endo-beta-1,3-glucanase


分子量: 27127.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardiopsis sp. (バクテリア) / 株: F96 / プラスミド: pET-21b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2V0H0, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase

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非ポリマー , 5種, 224分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.3-1.4M Ammonium sulfate, 1% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月1日 / 詳細: rhodium-coated mirror
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.4 % / Av σ(I) over netI: 11.1 / 数: 166200 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.78 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25958 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.455099.610.0645.4526.6
2.743.4599.910.0713.1846.9
2.392.7410010.0872.0617
2.172.3910010.0961.5576.9
2.022.1710010.1011.2336.9
1.92.0210010.1250.9417.3
1.81.910010.1670.6936.5
1.721.810010.2040.6056.6
1.661.7299.810.2340.5735.5
1.61.6695.410.2340.4873.6
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 47558 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.766 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique all: 4574 / Χ2: 1.157 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se9.1160.6240.9950.2570.642
2Se14.7180.540.820.3641.027
3Se11.5260.540.9690.150.777
4Se5.4080.6070.2580.30.58
5Se9.6890.5390.7940.2150.658
6Se36.0390.0580.1090.4220.423
Phasing dmFOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.69 / 反射: 24080 / Reflection acentric: 23426 / Reflection centric: 654
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.6-35.2440.940.950.831148105098
2.9-4.60.930.940.8834443295149
2.3-2.90.840.850.7142954166129
2-2.30.770.770.6642764171105
1.7-20.590.60.4971326997135
1.6-1.70.410.410.363785374738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→39.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.352 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 2405 5.1 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.144 ---
obs0.144 47531 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.27 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1859 0 30 217 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9122712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0845236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86724.167108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.32715261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2691512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21326
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0860.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0720.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6271.51212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92121910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3373919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8044.5802
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.75932131
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.9093226
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.15431922
LS精密化 シェル解像度: 1.297→1.331 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 178 -
Rwork0.184 3105 -
obs-3283 91.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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