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- PDB-2hy1: Crystal structure of Rv0805 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hy1
タイトルCrystal structure of Rv0805
要素Rv0805
キーワードHYDROLASE / metallophosphoesterase / cAMP / phosphodiesterase / bi-nuclear active site
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / : / cell wall modification / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding ...2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / : / cell wall modification / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / manganese ion binding / iron ion binding / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide phosphodiesterase GpdQ/CpdA-like / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / PHOSPHATE ION / cAMP/cGMP dual specificity phosphodiesterase MT0825 / cAMP/cGMP dual specificity phosphodiesterase Rv0805
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.932 Å
データ登録者Shenoy, A.R. / Capuder, M. / Draskovic, P. / Lamba, D. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Rv0805 Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Shenoy, A.R. / Capuder, M. / Draskovic, P. / Lamba, D. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Rv0805 Gene from Mycobacterium tuberculosis Encodes a 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase: Biochemical and Mutational Analysis
著者: Shenoy, A.R. / Sreenath, N. / Podobnik, M. / Kovacevic, M. / Visweswariah, S.S.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv0805
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1644
ポリマ－29,9581
非ポリマー2063
水1,856103
1
A: Rv0805
ヘテロ分子

A: Rv0805
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3278
ポリマ－59,9162
非ポリマー4126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.263, 94.299, 50.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:-X,-Y,Z

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要素

#1: タンパク質 Rv0805 / Icc protein


分子量: 29957.982 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core (residues 1-278) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0805 / プラスミド: pProExHTc / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O06629, UniProt: P9WP65*PLUS, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, MgCl2, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月19日 / 詳細: monochromator, mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (Si) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50.9 Å / Num. all: 20597 / Num. obs: 20251 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Num. unique all: 1050 / Χ2: 1.011 / % possible all: 76.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å27.63 Å
Translation1.93 Å27.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.932→50.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.452 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2073 10.2 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.283 20228 98.17 %-
all-20597 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3---3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.932→50.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 7 103 1837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.9752414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0055224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85323.33375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40815274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7871514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2891.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.47721823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7813667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.194.5591
LS精密化 シェル解像度: 1.932→1.982 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 111 -
Rwork0.259 1116 -
obs-1227 82.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.342-1.7732-7.51463.89652.607710.1813-0.0918-0.4624-0.14180.42810.0487-0.25390.09360.24780.0430.0605-0.0028-0.06870.06730.03910.02087.090411.396911.6279
238.2304-16.2043-6.42398.28154.12799.0401-0.3846-2.1199-0.04671.45410.3441-0.25040.69120.39940.04060.4766-0.051-0.10750.3160.00140.0215.787813.559724.882
32.2597-2.4003-6.1168.9649-5.428938.721-0.289-1.0261-0.00660.9503-0.105-0.91080.94651.7650.39390.22570.1107-0.15740.43230.02570.206216.10439.301117.6907
47.3299-1.5701-0.94894.78391.64383.3043-0.0528-0.609-0.00190.42890.0220.3401-0.3312-0.1060.03080.14170.0201-0.01710.0243-0.0194-0.0310.44520.537215.0555
521.0601-1.01751.20670.1315-0.83567.40390.2091-0.54421.03510.494-0.1083-0.0305-1.03650.4536-0.10080.354-0.0397-0.06790.1458-0.09160.1393.683126.715219.4046
610.5961-4.1448-8.57654.17674.065312.8956-0.0257-1.37750.41690.49650.3307-0.2622-0.13941.2803-0.3050.1995-0.0888-0.08520.2709-0.04830.121214.250619.640215.7612
72.4026-2.31810.73924.523-0.71012.7217-0.246-0.23440.41130.57580.1065-0.0655-0.41770.01470.13940.1043-0.0028-0.0429-0.0182-0.04860.0943-1.134225.87811.4294
82.5618-1.71911.187.91771.885.0316-0.0904-0.09460.62210.07120.167-0.5537-0.64940.3543-0.07660.0755-0.0073-0.05050.0064-0.01640.2225-0.227530.72156.0274
918.2201-17.765-0.350121.00170.85980.0798-1.1381-1.21920.75091.1580.887-0.36850.0262-0.00970.25110.05010.0051-0.06020.0522-0.03790.11559.134820.5403-0.1282
1010.9088-4.2579-4.50753.55321.36083.0695-0.1118-0.09810.22520.07980.08140.0695-0.086-0.02340.03040.00050.0101-0.041-0.0336-0.00120.0197-0.748619.58291.9308
1110.68755.9386-10.63585.3267-5.890613.45230.24750.19250.52530.1789-0.03450.4665-0.6313-0.3696-0.2130.02850.0425-0.06660.05610.0390.1594-9.244521.6727-1.2006
1224.585-3.02-2.67429.41080.18577.30920.12311.26751.4507-0.6909-0.13170.0965-0.47850.39740.00870.0866-0.0459-0.02140.09960.10370.04622.433419.5526-10.7746
134.3528-0.141-0.49163.52630.95623.9599-0.0455-0.16250.02250.1467-0.08590.67060.152-0.43550.13140.00240.0147-0.0298-0.0428-0.00190.083-7.37511.15472.9669
1421.3695.6596-6.15532.79910.590212.7102-0.43641.15050.452-0.32910.16770.7366-0.0583-0.61430.26880.06250.0174-0.10770.10170.05230.1372-10.15912.6831-7.2322
1530.4286-9.5439-0.904510.4246-1.254.88180.28841.9075-1.1754-0.8416-0.21350.68730.1236-0.5286-0.0750.1504-0.0308-0.06570.2048-0.00710.123-1.398911.0312-10.3092
163.43950.44280.32554.4843-0.09053.3185-0.0632-0.0506-0.03550.13880.02790.09020.0643-0.14840.0353-0.0113-0.0017-0.0165-0.00420.0020.0409-0.97119.70183.3332
172.66171.2922.492918.904516.512726.33560.0086-0.44690.21991.0369-0.52330.84440.0636-1.53890.51470.10060.00210.02960.1572-0.010.0842-5.43174.191410.5014
186.63690.01142.86794.3393-0.16969.8660.10320.047-0.03170.00670.03710.2344-0.1940.0233-0.1403-0.0301-0.00040.009-0.0590.008-0.0552-2.83485.96182.146
199.5726-2.0133-7.37015.13592.038412.9436-0.0788-0.63590.28850.5770.213-0.3460.12260.3565-0.13420.0642-0.0301-0.05910.04670.02010.09878.50045.75138.4914
2010.03350.8565-8.52669.5992-2.553521.99460.0991-0.5394-0.23090.5291-0.0041-0.30530.18030.6306-0.0950.0413-0.0323-0.02830.0090.02060.07377.12541.93356.9095
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1110 - 3612 - 38
2237 - 4639 - 48
3347 - 5549 - 57
4456 - 7258 - 74
5573 - 7775 - 79
6678 - 9080 - 92
7791 - 10893 - 110
88109 - 119111 - 121
99120 - 124122 - 126
1010125 - 139127 - 141
1111140 - 151142 - 153
1212152 - 158154 - 160
1313159 - 187161 - 189
1414188 - 193190 - 195
1515194 - 199196 - 201
1616200 - 208202 - 210
1717209 - 214211 - 216
1818215 - 226217 - 228
1919227 - 256229 - 258
2020257 - 265259 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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