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- PDB-2hxd: Bifunctional dCTP deaminase-dUTPase mutant enzyme variant E145A f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hxd
タイトルBifunctional dCTP deaminase-dUTPase mutant enzyme variant E145A from Methanocaldococcus jannaschii in complex with alpha,beta-imido dUTP and magnesium
要素dCTP deaminase, dUMP-forming
キーワードHYDROLASE / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP deaminase (dUMP-forming) / dCTP deaminase (dUMP-forming) activity / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dCTP deaminase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / dCTP deaminase, dUMP-forming
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bynck, J.H. / Johansson, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural evidence for a concerted Bifunctionality in dCTP deaminase-dUTPase from Methanocaldococcus jannaschii
著者: Bynck, J.H. / Willemoes, M. / Larsen, S. / Johansson, E.
履歴
登録2006年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8953
ポリマ－23,4041
非ポリマー4912
水2,180121
1
A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子

A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子

A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6869
ポリマ－70,2113
非ポリマー1,4746
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
Buried area14600 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
2
A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,37218
ポリマ－140,4236
非ポリマー2,94912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation38_556-y+1/2,-x+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation42_545-x+1/2,z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation46_455z-1/2,-y+1/2,x+1/21
Buried area32370 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area39580 Å2
手法PISA
3
A: dCTP deaminase, dUMP-forming
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,48772
ポリマ－561,69224
非ポリマー11,79548
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.513, 171.513, 171.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-289-

HOH

21A-291-

HOH

31A-293-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 dCTP deaminase, dUMP-forming / Bifunctional deaminase/diphosphatase / MjDCD-DUT / DCD/DUT


分子量: 23403.818 Da / 分子数: 1 / 変異: E145A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: dcd / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57872, dCTP deaminase (dUMP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 20 % PEG3350, 0.2M di-potassium hydrogen phosphate, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 18566 / Num. obs: 18566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.36 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2746 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HXB

2hxb


解像度: 2.3→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.773 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 924 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 18560 --
obs-17636 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 29 121 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.9972261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94233520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4965198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88824.79573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32815301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.96156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3761.51271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.5405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59121611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6433822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7394.5650
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 78 -
Rwork0.264 1308 -
obs-1386 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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