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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hx1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of possible sugar phosphatase, HAD superfamily (ZP_00311070.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 2.10 A resolution | ||||||
要素 | Predicted sugar phosphatases of the HAD superfamily | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ZP_00311070.1 / possible sugar phosphatase / HAD superfamily / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cytophaga hutchinsonii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of possible sugar phosphatase, HAD superfamily (ZP_00311070.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 2.10 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hx1.cif.gz | 257.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hx1.ent.gz | 212 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hx1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 31785.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア) 遺伝子: ZP_00311070.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48856913, UniProt: A0A6N4STH8*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 1073分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-EPE / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 15.0% Ethanol, 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97932, 0.91837, 0.97915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→29.323 Å / Num. obs: 70192 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 4.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.323 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.401 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.194 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. NCS RESTRAINTS ARE APPLIED SUCH CHAIN A IS VERY SIMILAR TO CHAIN B, CHAIN C SIMILAR TO CHAIN D. THE NCS BREAKS DOWN FOR C108-129/D108- ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. NCS RESTRAINTS ARE APPLIED SUCH CHAIN A IS VERY SIMILAR TO CHAIN B, CHAIN C SIMILAR TO CHAIN D. THE NCS BREAKS DOWN FOR C108-129/D108-129. 3. EACH ACTIVE SITE HAS A MAGNESIUM BOUND. MAGNESIUM IS PRESENT IN THE CYSTALLIZATION SOLUTION. BASED ON DIFFERENCE MAP, THERE APPEARS ANOTHER NON-WATER ENTITY (NEAR THR 52 OG1) FOR EACH MONOMER. THEY ARE TENATIVELY ASSIGNED AS CHLORIDES (21,22,23,24). A HEPES MOLECULE (PRESENT IN CRYSTALLIZATION SOLUTION) IS MODELLED INTO THE ACTIVE SITE. SINCE HEPES IS SIMILAR IN STRUCTURE TO SUBSTRATES OF THIS ENZYME CONTAINING RIBOSE-PHOSPHATE, IT COULD BE AN INHIBITOR. HOWEVER, DUE TO THE POOR DENSITY, THE ASSIGNMENT IS ONLY TENATIVE. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.291 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.323 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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