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万見
- PDB-2hwn: Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hwn
タイトルCrystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide
要素
  • A Kinase binding peptide
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / PKA / AKAP / Dimerization/Docking / D/D / Regulatory Subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Hedgehog 'off' state / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation ...positive regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Hedgehog 'off' state / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / nucleotide-activated protein kinase complex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A binding / small molecule binding / protein kinase A catalytic subunit binding / plasma membrane raft / axoneme / cAMP binding / T-tubule / modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / kinase activity / intracellular protein localization / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / centrosome / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Regulator of G protein signaling domain ...A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kinderman, F. / Kim, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: A Dynamic Mechanism for AKAP Binding to RII Isoforms of cAMP-Dependent Protein Kinase.
著者: Kinderman, F.S. / Kim, C. / von Daake, S. / Ma, Y. / Pham, B.Q. / Spraggon, G. / Xuong, N.H. / Jennings, P.A. / Taylor, S.S.
履歴
登録2006年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
E: A Kinase binding peptide
F: A Kinase binding peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4757
ポリマ－26,3836
非ポリマー921
水3,801211
1
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
E: A Kinase binding peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2834
ポリマ－13,1913
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
2
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
F: A Kinase binding peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1913
ポリマ－13,1913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
3
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
E: A Kinase binding peptide
ヘテロ分子

C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
F: A Kinase binding peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4757
ポリマ－26,3836
非ポリマー921
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.551, 44.561, 72.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is one of the two dimers.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5290.060 Da / 分子数: 4 / 断片: Dimerization/docking domain, residues 0-44 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkar2a / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12368, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド A Kinase binding peptide


分子量: 2611.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q4R5S0*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月20日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.5 Å / Num. all: 30976 / Num. obs: 29191 / % possible obs: 87.65 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3523 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.014 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1607 5.2 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.2098 30976 --
obs0.20823 29191 87.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20.82 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 6 211 1848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9992279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7535200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74723.68476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12115272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8971.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36621680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0373684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0254.5599
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 132 -
Rwork0.28 2461 -
obs-2593 99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.96341.58260.41462.1701-0.92362.18710.1168-0.12780.09280.1984-0.06920.2428-0.0026-0.1905-0.0477-0.3354-0.003-0.0037-0.2551-0.0331-0.275-16.842-23.6883.764
25.95972.7481-1.89231.5114-1.12780.8676-0.07930.2158-0.2594-0.10540.0270.02990.1117-0.02950.0523-0.2749-0.0247-0.019-0.2189-0.0184-0.1853-18.781-31.0050.243
31.37670.418-0.03943.20541.92133.25830.0884-0.21490.12490.3446-0.160.3230.0624-0.26380.0716-0.2282-0.02850.0093-0.2109-0.0177-0.3122-1.959-19.22624.19
40.4849-0.1453-0.02982.90913.28715.24340.006-0.02220.03880.1184-0.02640.0804-0.2030.02230.0203-0.2208-0.0218-0.0035-0.2544-0.0137-0.31182.12-12.16224.631
511.28446.72552.249711.43683.56538.5128-0.21940.69490.1521-0.43470.24060.42570.0216-0.3409-0.0212-0.3180.0185-0.0357-0.13030.0245-0.2505-15.971-20.446-9.414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 43
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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