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万見
- PDB-2hw0: NMR Solution Structure of the nuclease domain from the Replicator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hw0
タイトルNMR Solution Structure of the nuclease domain from the Replicator Initiator Protein from porcine circovirus PCV2
要素Replicase
キーワードHYDROLASE / REPLICATION / alpha+beta
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle single-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / nucleotide binding / host cell nucleus ...rolling circle single-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative viral replication protein / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein / Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法溶液NMR / 30 conformers calculated using simulated anhealing in torsion angle space with CYANA2.0 (MODELS 2-31), average structure after CYANA variable target function minimisation (MODEL 1)
Model type detailsminimized average
データ登録者Vega-Rocha, S. / Byeon, I.L. / Gronenborn, B. / Gronenborn, A.M. / Campos-Olivas, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution structure, divalent metal and DNA binding of the endonuclease domain from the replication initiation protein from porcine circovirus 2
著者: Vega-Rocha, S. / Byeon, I.L. / Gronenborn, B. / Gronenborn, A.M. / Campos-Olivas, R.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The authors state that the polypeptide purified from E.coli starts with amino acid number ...SEQUENCE The authors state that the polypeptide purified from E.coli starts with amino acid number 2 of the complete protein because there is in vivo processing of the residue Met1. This has been verified by mass spectrometry of the differently labeled samples produced.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2761
ポリマ－13,2761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 300target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Replicase


分子量: 13275.991 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-116 of Rep PCV2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 属: Circovirus / 遺伝子: rep, ORF1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q77NR8, UniProt: Q8BB16*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
131HNHB
1434D 13C/15N-separated NOESY
1532D HN(CO)CG aromatic
1632D HNCG aromatic
1744D 13C-separated NOESY
1822D 1H-15N HSQC
1921H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM Rep2-116_PCV2 U-10% 13C;U-15N, 20 mM Sodium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT, 8% D2O8% D2O
20.8mM Rep2-116_PCV2 U-10% 13C;U-15N, 20 mM Sodium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT, 100% D2O100% D2O
30.8mM Rep2-116_PCV2 U-13C; U-15N, 20 mM Sodium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT, 8% D2O8% D2O
40.8mM Rep2-116_PCV2 U-13C;U-15N, 20 mM Sodium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 0.264 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRView5.0.4Bruce Johnson, One moon scientificデータ解析
CYANA2Peter Guentert構造決定
NMRPipeXFrank Delaglio, NIH解析
TALOSXFrank Delaglio, NIHデータ解析
CYANA2Peter Guentert精密化
精密化手法: 30 conformers calculated using simulated anhealing in torsion angle space with CYANA2.0 (MODELS 2-31), average structure after CYANA variable target function minimisation (MODEL 1)
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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