PDB-2hv7: Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hv7

タイトル

Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS

要素

Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / phosphotyrosyl phosphatase activator / PP2A / phosphatase / phosphatase specificity

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine phosphatase activator activity / protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / ATPase complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / phosphatase binding / calcium channel complex / protein phosphatase 2A binding / mitotic spindle organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chao, Y. / Jeffrey, J.D. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structure and mechanism of the phosphotyrosyl phosphatase activator.
著者: Chao, Y. / Xing, Y. / Chen, Y. / Xu, Y. / Lin, Z. / Li, Z. / Jeffrey, P.D. / Stock, J.B. / Shi, Y.

履歴

登録	2006年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hv7.cif.gz	466.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hv7.ent.gz	384.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hv7_validation.pdf.gz	639.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hv7_full_validation.pdf.gz	683.5 KB	表示
XML形式データ	2hv7_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	2hv7_validation.cif.gz	73.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hv6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nv0-d 5wgm-2 7ahb-2 6zej-4 3qhm-3 6odc-3 6hfr-d 2hv6-1 6pb9-d 4n09-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

B: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

C: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

D: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

E: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

F: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

G: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

H: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

ヘテロ分子

296 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.041, 86.096, 95.099
Angle α, β, γ (deg.)	73.91, 89.97, 73.31
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	F
4	1	H
1	2	B
2	2	C
3	2	E
4	2	G
1	3	B
2	3	C
3	3	E
4	3	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	SER	SER	A	A	22 - 322	22 - 322
2	1	ASN	ASN	SER	SER	D	D	22 - 322	22 - 322
3	1	ASN	ASN	SER	SER	F	F	22 - 322	22 - 322
4	1	ASN	ASN	SER	SER	H	H	22 - 322	22 - 322
1	2	ASN	ASN	SER	SER	B	B	22 - 322	22 - 322
2	2	ASN	ASN	SER	SER	C	C	22 - 322	22 - 322
3	2	ASN	ASN	SER	SER	E	E	22 - 322	22 - 322
4	2	ASN	ASN	SER	SER	G	G	22 - 322	22 - 322
1	3	ADP	ADP	ADP	ADP	B	I	324
2	3	ADP	ADP	ADP	ADP	C	J	324
3	3	ADP	ADP	ADP	ADP	E	K	324
4	3	ADP	ADP	ADP	ADP	G	L	324

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B / PR 53 分子量: 36819.117 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15257
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 80608 / Num. obs: 76255 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.083
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_sym value: 0.377 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2HV6

2hv6

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 39.352 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31246	3608	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2486	-	-	-
all	0.25	76416	-	-
obs	0.25183	67017	87.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.367 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.02 Å²	-0.83 Å²	0.24 Å²
2-	-	-2.78 Å²	1.34 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19504	0	108	0	19612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	20172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.955	27404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.77	5	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.572	23.966	928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.404	15	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.851	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	9839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	13971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.433	1.5	12291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.722	2	19536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.05	3	9040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.631	4.5	7868

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1204	medium positional	0.17	0.5
1	2	D	1204	medium positional	0.24	0.5
1	3	F	1204	medium positional	0.18	0.5
1	4	H	1204	medium positional	0.2	0.5
2	1	B	1204	medium positional	0.2	0.5
2	2	C	1204	medium positional	0.24	0.5
2	3	E	1204	medium positional	0.2	0.5
2	4	G	1204	medium positional	0.17	0.5
1	1	A	1235	loose positional	0.41	5
1	2	D	1235	loose positional	0.43	5
1	3	F	1235	loose positional	0.36	5
1	4	H	1235	loose positional	0.41	5
2	1	B	1235	loose positional	0.41	5
2	2	C	1235	loose positional	0.51	5
2	3	E	1235	loose positional	0.41	5
2	4	G	1235	loose positional	0.38	5
3	1	B	27	loose positional	0.35	5
3	2	C	27	loose positional	0.55	5
3	3	E	27	loose positional	0.54	5
3	4	G	27	loose positional	0.43	5
1	1	A	1204	medium thermal	0.43	2
1	2	D	1204	medium thermal	0.34	2
1	3	F	1204	medium thermal	0.37	2
1	4	H	1204	medium thermal	0.39	2
2	1	B	1204	medium thermal	0.38	2
2	2	C	1204	medium thermal	0.39	2
2	3	E	1204	medium thermal	0.32	2
2	4	G	1204	medium thermal	0.32	2
1	1	A	1235	loose thermal	1.18	10
1	2	D	1235	loose thermal	1.03	10
1	3	F	1235	loose thermal	1.12	10
1	4	H	1235	loose thermal	1.14	10
2	1	B	1235	loose thermal	1.22	10
2	2	C	1235	loose thermal	1.18	10
2	3	E	1235	loose thermal	0.96	10
2	4	G	1235	loose thermal	0.97	10
3	1	B	27	loose thermal	14.55	10
3	2	C	27	loose thermal	5.43	10
3	3	E	27	loose thermal	7.45	10
3	4	G	27	loose thermal	12.34	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	243	-
R_work	0.335	4084	-
obs	-	-	73.15 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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