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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2huc | ||||||
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タイトル | Structural Studies Examining the Substrate Specificity Profiles of PC-PLCBc Protein Variants | ||||||
要素 | Phospholipase C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PLC / bacillus cereus / substrate specificity / E4G | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Benfield, A.P. / Martin, S.F. / Antikainen, N.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007 タイトル: Structural studies examining the substrate specificity profiles of PC-PLC(Bc) protein variants. 著者: Benfield, A.P. / Goodey, N.M. / Phillips, L.T. / Martin, S.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2huc.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2huc.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2huc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2huc_validation.pdf.gz | 413.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2huc_full_validation.pdf.gz | 417.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2huc_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2huc_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28351.355 Da / 分子数: 1 / 断片: PC-PLC / 変異: E4G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: plc / プラスミド: pMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P09598, phospholipase C | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 45% Ammonium Sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 23834 / Num. obs: 23254 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 31.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.162 / Num. unique all: 22236 / Χ2: 1.073 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / FOM work R set: 0.877 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 58.048 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.419 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Xplor file |
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