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万見
- PDB-2htf: The solution structure of the BRCT domain from human polymerase r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2htf
タイトルThe solution structure of the BRCT domain from human polymerase reveals homology with the TdT BRCT domain
要素DNA polymerase mu
キーワードTRANSFERASE / BRCT domain / alpha-beta-alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BRCT domain / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain ...BRCT domain / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics, molecular dynamics refinement in explicit water solvent
Model type detailsminimized average
データ登録者DeRose, E.F. / Clarkson, M.W. / Gilmore, S.A. / Ramsden, D.A. / Mueller, G.A. / London, R.E. / Lee, A.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Solution structure of polymerase mu's BRCT Domain reveals an element essential for its role in nonhomologous end joining.
著者: DeRose, E.F. / Clarkson, M.W. / Gilmore, S.A. / Galban, C.J. / Tripathy, A. / Havener, J.M. / Mueller, G.A. / Ramsden, D.A. / London, R.E. / Lee, A.L.
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4201
ポリマ－11,4201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase mu / Pol Mu


分子量: 11420.022 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT domain / 変異: S20G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM polymerase mu BRCT domain, 25 mM d-Tris, 50 mM KCl, 0.02% NaN3, 5 mM DTT, pH 7.9, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM KCl / pH: 7.9 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR1.1C, VNMRJ 1.1CVariancollection
NMRPipe2003, 2004Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson and Blevins解析
CYANA2.1Guentert, Mumenthaler, Herrmann, and Wuthrich構造決定
ARIA2.0aHabeck, Rieping, Linge, and Nilges精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics, molecular dynamics refinement in explicit water solvent
ソフトェア番号: 1
詳細: The initial structures were computed using the auto noeassign feature of CYANA 2.1; 1503 NOE distance restraints were assigned, and 147 dihedral angle restraints were used in the calculation. ...詳細: The initial structures were computed using the auto noeassign feature of CYANA 2.1; 1503 NOE distance restraints were assigned, and 147 dihedral angle restraints were used in the calculation. The 20 best CYANA structures were refined in explicit solvent using ARIA 2.0a with the 1506 NOE distance restraints, 147 dihedral angle restraints, 42 H-bond restraints, and 48 residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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