[日本語] English
万見
- PDB-2htd: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2htd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE (LDB0262) FROM LACTOBACILLUS DELBRUECKII SUBSP. AT 1.60 A RESOLUTION
要素Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase (ZP_00387536.1) from Lactobacillus ...タイトル: Crystal structure of Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase (ZP_00387536.1) from Lactobacillus delbrueckii bulgaricus ATCC BAA-365 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. A suitable ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. A suitable database reference was not available at the time of processing.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase
B: Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2129
ポリマ－31,6012
非ポリマー6127
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.104, 71.123, 47.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSETHRTHR4AA1 - 2620 - 45
21MSEMSETHRTHR4BB1 - 2620 - 45
32VALVALASNASN5AA27 - 3246 - 51
42VALVALASNASN5BB27 - 3246 - 51
53PROPROALAALA4AA33 - 7452 - 93
63PROPROALAALA4BB33 - 7452 - 93
74ASPASPTHRTHR5AA75 - 8094 - 99
84ASPASPTHRTHR5BB75 - 8094 - 99
95LEULEUALAALA4AA85 - 121104 - 140
105LEULEUALAALA4BB85 - 121104 - 140

-
要素

#1: タンパク質 Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase


分子量: 15800.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌)
生物種: Lactobacillus delbrueckii / 株: ATCC BAA-365 / 遺伝子: ZP_00387536.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GBW8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.39 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4
詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929,0.97911
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979291
30.979111
反射解像度: 1.595→39.253 Å / Num. obs: 29681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.683.60.9870.71477440590.98799.8
1.68-1.785.10.6471.12111441460.647100
1.78-1.915.50.3771.92139438660.377100
1.91-2.065.50.2272.72002836120.227100
2.06-2.265.50.154.11849433450.15100
2.26-2.525.50.125.71657030020.12100
2.52-2.915.50.0966.81472426750.096100
2.91-3.575.40.0777.81218922600.077100
3.57-5.045.40.0639.9931817360.06399.4
5.04-47.045.40.05910.852919800.05999

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.253 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.448 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.093
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). SULFATE IONS ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION. (4) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1486 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 29659 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.14 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 31 205 2110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9792715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87333134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2225261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09726.02388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38915335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.413156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2040.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.95431288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7923499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78852033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9728777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4911673
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1331MEDIUM POSITIONAL0.350.5
57LOOSE POSITIONAL1.055
1331MEDIUM THERMAL1.62
57LOOSE THERMAL3.1310
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 108 -
Rwork0.258 2068 -
obs-2176 98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.33360.90411.50533.3060.06262.370.0030.1084-0.1452-0.0642-0.0808-0.23130.14060.26660.07780.10570.01140.01620.04730.00580.128533.501210.672540.3016
21.25830.1719-0.0611.149-0.46941.7617-0.00840.0040.0630.16050.02080.0542-0.1461-0.097-0.01240.0640.0024-0.01240.0208-0.00340.089125.27823.564943.2999
35.4415-0.83790.59961.2366-0.05881.4155-0.0491-0.01630.00360.00880.00910.006-0.0731-0.08640.040.0755-0.01270.0025-0.00010.00050.096726.833423.863439.0704
42.5769-0.4023-0.90953.1161.88824.1353-0.0426-0.2306-0.03910.3506-0.08130.13980.164-0.38230.12390.05210.0035-0.00780.04750.00740.053620.30219.365448.1396
53.11140.19450.05384.17650.00443.4908-0.0813-0.01360.15170.00920.08030.1858-0.1824-0.2650.0010.11190.0264-0.00240.0178-0.01010.113932.093242.129738.4851
61.70280.0255-0.66391.2741-0.40582.5877-0.03140.2235-0.0727-0.15560.0307-0.074-0.00480.02370.00070.0413-0.0026-0.01130.0128-0.0050.038534.358829.485229.396
72.6928-0.0972-0.4370.8069-0.43881.7345-0.03520.30170.0208-0.051-0.0503-0.01120.0386-0.15870.08550.1226-0.0084-0.02390.00990.01690.114936.121735.268327.5009
83.8546-1.481-1.72051.29160.56613.5524-0.01210.33040.0513-0.0482-0.08350.009-0.02540.11270.09550.0591-0.023-0.01680.05750.01750.056740.670834.396123.999
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 1919 - 38
22AA20 - 5639 - 75
33AA57 - 8276 - 101
44AA83 - 121102 - 140
55BB-2 - 1817 - 37
66BB19 - 7638 - 95
77BB77 - 9796 - 116
88BB98 - 121117 - 140

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る