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Yorodumi- PDB-2htd: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2htd | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE (LDB0262) FROM LACTOBACILLUS DELBRUECKII SUBSP. AT 1.60 A RESOLUTION | ||||||
Components | Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PUTATIVE PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 | ||||||
Function / homology | Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / Putative_PNPOx domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase (ZP_00387536.1) from Lactobacillus delbrueckii ...Title: Crystal structure of Predicted flavin-nucleotide-binding protein from COG3576 family structurally related to pyridoxine 5'-phosphate oxidase (ZP_00387536.1) from Lactobacillus delbrueckii bulgaricus ATCC BAA-365 at 1.60 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. A suitable ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. A suitable database reference was not available at the time of processing. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2htd.cif.gz | 64.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2htd.ent.gz | 51.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2htd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2htd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2htd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 15800.331 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (bacteria) Species: Lactobacillus delbrueckii / Strain: ATCC BAA-365 / Gene: ZP_00387536.1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q1GBW8 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 4 Details: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.91837,0.97929,0.97911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2006 / Details: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.595→39.253 Å / Num. obs: 29681 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 4.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.6→39.253 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.448 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.093 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...Details: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). SULFATE IONS ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION. (4) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.657 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→39.253 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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