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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2htb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a putative mutarotase (YeaD) from Salmonella typhimurium in monoclinic form | ||||||
![]() | Putative enzyme related to aldose 1-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Salmonella typhimurium / carbohydrate / aldose 1-epimerase / mutarotase / YeaD / GalM / sugar phosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-6-phosphate 1-epimerase / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chittori, S. / Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the putative mutarotase YeaD from Salmonella typhimurium: structural comparison with galactose mutarotases. 著者: Chittori, S. / Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34343.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: IFO12529 / 遺伝子: yeaD / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8ZPV9, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); 炭水化物およびその類縁体に作用 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15-25% PEG8K, 0.1M citrate pH 5.5, 0.2-0.5mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月13日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 50200 / % possible obs: 0.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.22 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4503 / % possible all: 0.919 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: monomer of orthorhombic form of stYeaD (PDB code 2HTA) 解像度: 2.5→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.525 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.472 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.499→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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