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万見
- PDB-2ht6: Crystal structure of Human Gem G-domain bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ht6
タイトルCrystal structure of Human Gem G-domain bound to GDP
要素GTP-binding protein GEM
キーワードSIGNALING PROTEIN / small G-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


metaphase chromosome alignment / calcium channel regulator activity / chromosome organization / spindle midzone / NPAS4 regulates expression of target genes / mitotic spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / GDP binding / mitotic cell cycle / midbody ...metaphase chromosome alignment / calcium channel regulator activity / chromosome organization / spindle midzone / NPAS4 regulates expression of target genes / mitotic spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / GDP binding / mitotic cell cycle / midbody / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / immune response / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ras-related small G protein, RGK family / : / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Ras-related small G protein, RGK family / : / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein GEM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Opatowsky, Y. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Structure-function studies of the G-domain from human gem, a novel small G-protein.
著者: Opatowsky, Y. / Sasson, Y. / Shaked, I. / Ward, Y. / Chomsky-Hecht, O. / Litvak, Y. / Selinger, Z. / Kelly, K. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein GEM
B: GTP-binding protein GEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1596
ポリマ－39,2242
非ポリマー9354
水1,53185
1
A: GTP-binding protein GEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0803
ポリマ－19,6121
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein GEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0803
ポリマ－19,6121
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.843, 81.433, 124.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRALAALAAA76 - 967 - 27
21TYRTYRALAALABB76 - 967 - 27
32CYSCYSASNASNAA106 - 13537 - 66
42CYSCYSASNASNBB106 - 13537 - 66
53TRPTRPARGARGAA141 - 24072 - 171
63TRPTRPARGARGBB141 - 24072 - 171

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein GEM / GTP-binding mitogen-induced T-cell protein / RAS-like protein KIR


分子量: 19612.189 Da / 分子数: 2 / 断片: G-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEM, KIR / プラスミド: pET-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55040
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium chloride, 0.5 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals / プロトコル: SAD - inverse beam / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16469 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 8.561 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 830 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 16384 --
obs0.229 16384 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2622 0 58 85 2765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9773663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4565325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78323.485132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72315480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4451528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21825
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3970.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9521.51676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65222623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60231184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6654.51040
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
604TIGHT POSITIONAL0.060.05
592MEDIUM POSITIONAL0.430.5
604TIGHT THERMAL0.240.5
592MEDIUM THERMAL0.572
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 71 -
Rwork0.283 1111 -
obs-1182 98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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