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万見
- PDB-2hsr: 13mer duplex DNA containing an abasic site with beta anomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hsr
タイトル13mer duplex DNA containing an abasic site with beta anomer
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(AAB)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / abasic site / DNA damage / base excision repair / Ape1
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Chen, J. / Dupradeau, F.Y. / Case, D.A. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Nuclear magnetic resonance structural studies and molecular modeling of duplex DNA containing normal and 4'-oxidized abasic sites.
著者: Chen, J. / Dupradeau, F.Y. / Case, D.A. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
履歴
登録2006年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年7月9日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年8月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units ..._ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(AAB)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8362
ポリマ－7,8362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1560 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5260 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(AAB)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3877.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3958.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131E-COSY
141HP-selective HSQC
2522D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and HP-HSQC heteronuclear techniques

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.7 mM duplex DNA containing an abasic site with beta anomer, 10 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 100% D2Osample_1100% D2O
solution22.7 mM duplex DNA containing an abasic site with beta anomer, 10 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10%D2O (v/v)sample_290% H2O/10%D2O (v/v)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.7 mMduplex DNA containing an abasic site with beta anomernatural abundance1
2.7 mMduplex DNA containing an abasic site with beta anomernatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.2 mMEDTAnatural abundance1
0.2 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM sodium phosphate mMsample_conditions_16.51 atm298 K
210 mM sodium phosphate mMsample_conditions_26.51 atm277 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built Custom builtHome-builtCustom built7501
Home-built Custom builtHome-builtCustom built5912

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000データ解析
MARDIGRASgeometry optimization
Amber8Case, et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 482 NOE-derived distance constraints, 57 dihedral angle restraints,8 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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