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- PDB-2hsg: Structure of transcription regulator CcpA in its DNA-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hsg
タイトルStructure of transcription regulator CcpA in its DNA-free state
要素Glucose-resistance amylase regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / CCPA / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Catabolite control protein A / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Loll, B. / Alings, C. / Saenger, W. / Biesiadka, J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007
タイトル: Structure of full-length transcription regulator CcpA in the apo form.
著者: Loll, B. / Saenger, W. / Biesiadka, J.
履歴
登録2006年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-resistance amylase regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6861
ポリマ－36,6861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.464, 74.464, 238.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Glucose-resistance amylase regulator / Catabolite control protein


分子量: 36685.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: ccpA / プラスミド: pQE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46828

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3% polyethylene glycol 8000, 100mM CaCl2, 10% (v/v) glycerol, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 14394 / Num. obs: 14158 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 66.898 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1SXH

1sxh


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.734 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.337 711 5 %RANDOM
Rwork0.271 ---
all0.275 13447 --
obs0.281 14158 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.514 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2506 0 0 0 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.9553447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80935477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6535325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.64625.046109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.67515443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2721515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.22813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.21589
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.360.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.310.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34421666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2222664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19132644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9982961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5513803
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.401 62
Rwork0.357 920
obs-982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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