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- PDB-2hrt: Asymmetric structure of trimeric AcrB from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hrt
タイトルAsymmetric structure of trimeric AcrB from Escherichia coli
要素Acriflavine resistance protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / AcrB / multidrug efflux pump / RND / antibiotic resistance / AcrA / TolC / proton-coupled exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Seeger, M.A. / Schiefner, A. / Eicher, T. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Pos, K.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structural Asymmetry of AcrB Trimer Suggests a Peristaltic Pump Mechanism.
著者: Seeger, M.A. / Schiefner, A. / Eicher, T. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Pos, K.M.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B
B: Acriflavine resistance protein B
C: Acriflavine resistance protein B
D: Acriflavine resistance protein B
E: Acriflavine resistance protein B
F: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)689,17410
ポリマ－688,4186
非ポリマー7564
水00
1
A: Acriflavine resistance protein B
B: Acriflavine resistance protein B
C: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,5875
ポリマ－344,2093
非ポリマー3782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19650 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area114970 Å2
手法PISA
2
D: Acriflavine resistance protein B
E: Acriflavine resistance protein B
F: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,5875
ポリマ－344,2093
非ポリマー3782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19740 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area115090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.330, 134.870, 140.840
Angle α, β, γ (deg.)103.90, 94.64, 90.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a trimer. There are 2 biological units (trimers) in the asymmetric unit (chains A, B, C and chains D, E, F)

-
要素

#1: タンパク質
Acriflavine resistance protein B


分子量: 114736.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: acrB, acrE / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 290 K / pH: 4.6
詳細: 5 % polyethylene glycol 400, 16-22 % polyethylene glycol 300, 8-11 % glycerol, 70 mM Nacitrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 4.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.8 Å / Num. obs: 181133 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.368 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.671
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å29.8 Å
Translation5 Å29.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IWG

1iwg


解像度: 3→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 48.918 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 9081 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.234 181137 99.9 %-
all-172056 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0.01 Å2-0.19 Å2
2---0.08 Å20.08 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47046 0 52 0 47098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02247994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.96865180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.09256186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53524.5371878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.001158064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.81815222
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.27672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0235610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.223793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.233666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1971.531455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.354249508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.432318540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7444.515672
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 683 -
Rwork0.332 12568 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.21380.0786-1.09451.66210.39952.3050.0027-0.60920.08750.21290.08640.183-0.1671-0.204-0.08910.08410.0725-0.02860.2445-0.0763-0.28011.2098.219736.736
23.6291.0434-2.92525.5545-0.56916.42030.16270.14680.1896-0.0594-0.0208-0.1918-0.217-0.1831-0.1419-0.57160.0265-0.0673-0.60540.0344-0.461814.825510.9212-12.1504
33.3522-1.0319-1.53353.66790.3964.11780.1138-0.6531-0.06370.25330.0064-0.6917-0.42560.5507-0.1202-0.3443-0.0062-0.0902-0.3227-0.0235-0.278332.18330.73694.566
41.70050.65820.30322.67571.48991.31150.06770.1912-0.4256-0.64450.0211-1.0984-0.16630.2761-0.0888-0.27970.10680.1515-0.4026-0.0337-0.008140.4093-10.2217-25.4578
53.0020.4699-2.81154.73350.125612.81870.3253-0.87530.83130.2167-0.1612-0.0982-1.32020.0938-0.16410.1771-0.24190.0217-0.0273-0.17310.063635.448620.55379.8276
64.5690.15220.07465.00364.16164.20640.2767-0.6341.00710.2794-0.07480.0669-0.742-0.0815-0.2019-0.2102-0.05880.2039-0.4727-0.07940.169616.637334.0429-5.1759
72.55060.4045-0.744.2024-1.77112.83290.02480.50630.1084-0.6403-0.0604-0.47660.08740.24270.0356-0.3289-0.01270.2113-0.3624-0.0075-0.089639.009711.3098-27.6891
82.2166-0.0028-0.32270.86350.49652.30050.0209-0.64670.67260.3963-0.1111-0.1802-0.7194-0.1210.09020.48710.09160.03030.2529-0.3710.0967-0.868527.878639.2573
91.6375-0.1039-1.63391.00780.01192.961-0.0686-0.2015-0.3980.2606-0.04930.25890.4204-0.62560.11790.0362-0.17760.02170.29910.3046-0.1404-19.4834-23.406222.0462
106.6711-1.2596-5.12763.03761.83745.46860.05990.256-0.4395-0.1793-0.28220.10770.1341-0.34550.2223-0.45490.0356-0.0695-0.5780.0508-0.37916.4465-12.106-10.0524
114.2643-2.1121-4.2811.10571.8775.2913-0.32340.3069-0.7649-0.0521-0.16550.20780.2127-0.37350.4888-0.1324-0.115-0.0457-0.15570.04770.0848-4.5606-28.4917-19.1394
121.3449-0.97051.44255.2228-1.55382.1730.34821.0838-0.4821-1.0914-0.4464-0.05190.29250.060.09820.01370.07320.02210.0967-0.0407-0.379711.5135-13.8566-44.6741
135.0846-0.0727-2.98452.9845-1.82876.0462-0.1406-0.5943-0.88110.71740.0916-0.28940.20320.06260.0490.1064-0.0450.1055-0.26020.07760.28037.5485-43.4597-8.5247
143.94610.1811-0.20046.0304-2.45926.3302-0.1357-0.9017-0.55080.5816-0.0437-0.2370.72770.00970.1795-0.18390.1826-0.0495-0.38730.2164-0.054727.4214-27.62085.1131
154.2303-2.21160.11341.6079-0.28021.63290.09290.79560.0017-0.7653-0.2255-0.49590.05860.03280.1325-0.1871-0.01270.1439-0.3342-0.1084-0.100628.1015-22.8372-33.6634
160.9019-0.1124-0.3951.54190.74942.7433-0.1363-0.4332-0.55280.49330.0763-0.13540.7815-0.09740.060.5211-0.00970.01080.25460.41690.0017-7.0846-32.000734.7545
173.29170.2985-0.07821.94280.20362.16530.1348-0.83330.36280.442-0.04680.4772-0.236-0.6137-0.088-0.22630.20090.03870.25670.0319-0.0832-31.477516.631314.86
181.9968-1.2071-0.90961.49041.278814.13110.11550.3945-0.1003-0.33380.0337-0.27760.37760.0775-0.1492-0.4198-0.0494-0.1159-0.34410.0464-0.2855-2.3376-3.8452-20.1893
195.79231.5627-2.14072.8544-0.88952.23390.17280.42150.8661-0.26640.03770.1556-0.4566-0.3169-0.2105-0.24570.2466-0.0404-0.32910.2443-0.1635-4.312224.1242-21.6378
203.07070.92581.47851.53250.26153.31320.0681.01480.5181-0.70340.1361-0.3093-0.27460.3441-0.2041-0.05320.01440.2518-0.24320.1402-0.15723.468718.2826-38.2995
215.3825-1.9541-2.7964.28182.88258.3910.06120.44360.3114-0.69780.08310.7173-0.2633-0.7375-0.1444-0.20650.2061-0.22380.08340.3891-0.0133-22.720218.9082-30.1102
226.25980.272-1.35843.2003-1.12124.45880.09580.5417-0.4313-0.3463-0.25480.50120.1236-0.91140.159-0.3419-0.0224-0.31590.17560.0705-0.3069-24.7734-3.8191-28.1655
231.1631-0.1259-0.19750.62970.04773.32770.11430.9902-0.0262-0.62830.1467-0.1412-0.1362-0.1453-0.26110.0850.10550.05770.15230.1329-0.39848.67685.5297-47.7666
243.7081-0.2891-1.29761.47610.22992.84220.1331-0.4061-0.09820.3846-0.21480.77290.0036-0.91030.0816-0.27430.03290.010.52670.1160.0724-46.3174.72028.3393
252.2356-0.1923-1.05541.48160.11792.1482-0.04510.64880.2779-0.49070.0838-0.1673-0.35570.2677-0.03880.2496-0.0803-0.02960.38070.1966-0.0805-52.745775.5754-77.9152
263.1127-1.4396-3.25484.79241.27826.47020.1838-0.11510.27220.02820.05510.2454-0.28140.1816-0.2389-0.5571-0.048-0.0564-0.5538-0.0201-0.4007-66.189778.4608-28.9902
274.67222.0167-0.80644.3817-0.31083.15310.04410.61790.1379-0.37340.04530.5535-0.3477-0.6228-0.0894-0.29960.0465-0.098-0.26840.1015-0.3389-83.494967.9552-45.5651
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 402 - 40
2X-RAY DIFFRACTION1AA325 - 502325 - 502
3X-RAY DIFFRACTION2AA41 - 13341 - 133
4X-RAY DIFFRACTION3AA134 - 180134 - 180
5X-RAY DIFFRACTION3AA272 - 324272 - 324
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7X-RAY DIFFRACTION5AA570 - 672570 - 672
8X-RAY DIFFRACTION6AA673 - 723673 - 723
9X-RAY DIFFRACTION6AA812 - 859812 - 859
10X-RAY DIFFRACTION7AA724 - 811724 - 811
11X-RAY DIFFRACTION8AA503 - 569503 - 569
12X-RAY DIFFRACTION8AA860 - 1033860 - 1033
13X-RAY DIFFRACTION9BB2 - 402 - 40
14X-RAY DIFFRACTION9BB325 - 502325 - 502
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72X-RAY DIFFRACTION48FF860 - 1033860 - 1033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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