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万見
- PDB-2hro: Structure of the full-lenght Enzyme I of the PTS system from Stap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hro
タイトルStructure of the full-lenght Enzyme I of the PTS system from Staphylococcus carnosus
要素Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / PTS / protein Phosphorylation / Sugar transport / Histidine phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PtsI, HPr-binding domain / Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site ...PtsI, HPr-binding domain / Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus carnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Marquez, J.A. / Reinelt, S. / Koch, B. / Engelman, R. / Hengstenberg, W. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the full-length enzyme I of the phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system
著者: Reinelt, S. / Koch, B. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Scheffzek, K.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4582
ポリマ－63,3621
非ポリマー961
水3,099172
1
A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,9154
ポリマ－126,7232
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4290 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area49860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)173.364, 46.852, 85.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The As.u. contains a monomer but the Biological unit is a dimer. The second part of the biological assembly is generated by applying the symetry operation -x, y, -z and the translation 1 0 1

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / E.C.2.7.3.9 / Phosphotransferase system / enzyme I / PEP-dependent HPr protein kinase phosphoryltransferase


分子量: 63361.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus carnosus (バクテリア)
遺伝子: Pts1 / プラスミド: pUC-ptsO2.6X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: P23533, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6854.07
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.530% PEG 4000, 0.2 M Li2SO4 and 0.1 M Tris-HCl pH8.5 and 0.2 l of additive solution (solution No 11 of Hampton Crystal Screen, Hampton Research, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.530% PEG 4000, 0.2 sodium malonate and 0.1 M Tris-HCl at pH of 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-210.933
シンクロトロンESRF BM1421.71, 1.71, 0.976
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年12月2日
MAR CCD 130 mm2CCD2003年4月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 channelMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
21.711
30.9761
反射解像度: 2.5→34.86 Å / Num. all: 23570 / Num. obs: 23570 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 239616.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1179 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.2151 23570 --
obs0.2151 23570 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0559 Å2 / ksol: 0.29959 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.671 Å20 Å2-3.691 Å2
2--3.504 Å20 Å2
3---24.167 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 5 172 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 194 5 %
Rwork0.296 3687 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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