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万見
- PDB-2hra: Crystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hra
タイトルCrystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA aminoacylation and nuclear export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold
要素Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / GST-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl glutamyl tRNA synthetase complex / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / methionyl-tRNA aminoacylation / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #70 / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain ...Glutaredoxin - #70 / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Simader, H. / Hothorn, M. / Suck, D.
引用
ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA-aminoacylation and nuclear-export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold.
著者: Simader, H. / Hothorn, M. / Suck, D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of yeast aminoacyl-tRNA synthetase complex formation revealed by crystal structures of two binary sub-complexes
著者: Simader, H. / Hothorn, M. / Koehler, C. / Basquin, J. / Simos, G. / Suck, D.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
B: Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50546
ポリマ－45,9212
非ポリマー5,58444
水4,882271
1
A: Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,49921
ポリマ－22,9611
非ポリマー2,53820
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,00625
ポリマ－22,9611
非ポリマー3,04624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.959, 107.113, 167.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological unit is a monomer, two of which are contained in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic / Glutamate-tRNA ligase / GluRS / P85


分子量: 22960.629 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal heteromerisation domain, residues 1-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GUS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Star / 参照: UniProt: P46655, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.8-1.9 M (NH4)2SO4, 200 mM NaI, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.97925
シンクロトロンSLS X06SA20.97912, 0.97934, 0.95372
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2004年12月17日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年4月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2 cooled channel-carved Si(111) mono-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979251
20.979121
30.979341
40.953721
反射解像度: 1.9→80 Å / Num. obs: 37390 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5271 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 1.9→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 7.558 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26202 1892 5.1 %RANDOM
Rwork0.21408 ---
all0.21643 35521 --
obs0.21643 35496 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.63 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2729 0 44 271 3044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9693753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94534565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9225356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96525.888107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2315504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.84158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3830.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4690.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.81.51793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2011.5720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34822852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18531068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3914.5901
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 143 -
Rwork0.272 2580 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69590.0628-0.78251.3122-0.22062.9891-0.01030.0463-0.06-0.21430.0247-0.0912-0.05360.0309-0.0144-0.0055-0.08140.0202-0.0518-0.0109-0.007329.408767.681765.598
21.45240.6241-1.09932.11270.0113.3248-0.13630.12830.0694-0.28050.1368-0.01870.0512-0.1359-0.0005-0.0828-0.0763-0.0105-0.0594-0.0026-0.032517.638140.773164.8826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 19819 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2BB21 - 19321 - 193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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