PDB-2hqj: Cyclophilin from Leishmania major

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hqj

タイトル

Cyclophilin from Leishmania major

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

ciliary plasm / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cyclophilin from Leishmania major
著者: Arakaki, T.L. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2006年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年6月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE RESIDUES NUMBERING 2 TO 20 IN UNIPROT DATABASE SEQUENCE, Q4QBH1, WERE DELETED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hqj.cif.gz	50.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hqj.ent.gz	35.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rk4-d 6o7z-d 3tf2-2 1ej1-1 2xd7-3 3rbw-1 4efl-d 5w22-2 1kao-d 6rt6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj007771BAB

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.865, 63.511, 66.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase 分子量: 19470.035 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-198 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: CYP11, LMJF_23_0050 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EQ7351B / 参照: UniProt: Q4QBH1, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 10 詳細: 40% PEG 8000, 0.2M Potassium phosphate monobasic, 0.1M CAPS, 5mM DTT, pH 10.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9076 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9076 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. obs: 13170 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	2.8	0.481	1214	1.086	1	90.9
2.07-2.15	3.1	0.434	1257	1.004	1	94.7
2.15-2.25	3.3	0.352	1311	1.11	1	97.5
2.25-2.37	3.5	0.306	1332	1.066	1	98
2.37-2.52	3.6	0.24	1321	0.953	1	98.4
2.52-2.71	3.7	0.21	1328	1.019	1	97.4
2.71-2.99	3.7	0.14	1334	0.929	1	98.5
2.99-3.42	3.7	0.09	1355	1.026	1	97.5
3.42-4.31	3.7	0.059	1338	1.14	1	96.3
4.31-40	3.6	0.044	1380	1.007	1	92.4

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.08 Å	32.43 Å
Translation	2.08 Å	32.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→32.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 8.615 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	659	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
all	0.193	-	-	-
obs	-	13167	95.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1344	0	5	122	1471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.95	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	3	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.198	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.352	22.807	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.438	15	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.603	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.329	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.148	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.809	1.5	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.171	1.5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.025	2	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.914	3	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.533	4.5	446

LS精密化シェル

解像度: 2→2.048 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	50	-
R_work	0.248	803	-
obs	-	853	86.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0436	-1.421	3.0645	4.3589	-2.3864	11.7115	0.0105	-0.023	-0.1747	-0.0654	-0.0646	0.0445	0.0642	-0.2103	0.0541	0.0054	-0.0217	0.0212	-0.0326	-0.0343	0.0506	-1.166	-28.471	-11.328
2	1.7482	-0.079	0.4884	1.1845	0.3727	1.685	-0.0418	0.1182	0.1034	-0.1311	0.0355	-0.0567	-0.0442	0.1966	0.0063	0.0401	-0.0196	0.0102	0.0057	0.0118	0.0091	3	-17.795	-16.996
3	25.3512	-0.2395	2.1435	0.1388	0.7969	5.0733	-0.0552	-0.1867	0.649	-0.0645	-0.0758	0.2625	-0.1704	-0.1085	0.1311	0.0199	0.0262	0.0156	-0.0259	0.0246	0.0299	-11.199	-17.146	-2.117
4	1.1544	-0.8756	1.2919	0.6869	-1.2673	5.0633	-0.0431	0.043	0.0773	-0.0154	0.0222	-0.0609	-0.3016	0.2811	0.0209	0.0285	-0.0325	0.0051	-0.0253	0.0182	0.0041	1.254	-9.71	-14.073
5	7.2926	-4.1967	0.8698	4.2792	5.2868	18.0714	-0.106	0.4026	-0.0348	-0.4098	0.3775	0.5113	0.6047	-0.793	-0.2715	-0.0382	-0.0331	-0.0612	0.0342	0.0514	0.0192	-15.806	-15.188	-22.426
6	1.8133	0.546	0.1267	1.2443	-0.6888	1.2688	-0.0201	-0.0172	0.1158	0.0704	0.0503	0.1847	-0.109	-0.1718	-0.0302	-0.0092	0.0039	0.0099	-0.005	-0.0006	-0.0088	-11.013	-14.104	-13.139
7	3.3244	2.9303	-1.2059	7.3462	-3.5465	28.3806	-0.211	0.0156	-0.3845	-0.107	0.0873	0.0784	0.8565	-0.5056	0.1237	-0.0177	0.0023	0.0288	-0.0533	-0.0138	0.0633	-9.383	-29.618	-8.675
8	2.8446	-2.1414	-2.6702	3.0938	3.5564	4.9642	-0.1156	-0.1886	0.0543	0.1015	0.1259	0.0277	0.1197	0.1568	-0.0103	0.0131	-0.0029	-0.0033	-0.0217	0.0439	0.0355	-1.395	-24.769	-5.392

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 23	5 - 27
2	2	24 - 61	28 - 65
3	3	62 - 69	66 - 73
4	4	70 - 93	74 - 97
5	5	94 - 101	98 - 105
6	6	102 - 140	106 - 144
7	7	141 - 151	145 - 155
8	8	152 - 179	156 - 183

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