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万見
- PDB-2hps: Crystal structure of coelenterazine-binding protein from Renilla ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hps
タイトルCrystal structure of coelenterazine-binding protein from Renilla Muelleri
要素coelenterazine-binding protein with bound coelenterazine
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / coelenterazine-binding / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROXY-COELENTERAZINE / Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Renilla muelleri (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Stepanyuk, G. / Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Lee, J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: PHOTOCHEM.PHOTOBIOL.SCI. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of coelenterazine-binding protein from Renilla muelleri at 1.7 A: why it is not a calcium-regulated photoprotein.
著者: Stepanyuk, G.A. / Liu, Z.J. / Markova, S.S. / Frank, L.A. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Wang, B.C.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Currently there is no aminoacid sequence database reference available for the protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coelenterazine-binding protein with bound coelenterazine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7584
ポリマ－21,1341
非ポリマー6243
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.948, 55.948, 292.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 coelenterazine-binding protein with bound coelenterazine


分子量: 21134.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla muelleri (無脊椎動物) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C9V488*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CTZ / C2-HYDROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 439.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2 microliter drops containing equal volumes of protein solution (12 mg/ml) and precipitate solution (0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate dihydrate, 1M lithium sulfate monohydrate), pH ...詳細: 2 microliter drops containing equal volumes of protein solution (12 mg/ml) and precipitate solution (0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate dihydrate, 1M lithium sulfate monohydrate), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月26日 / 詳細: Rosenbaum
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→10 Å / Num. obs: 27912 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique all: 2510 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.796 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22887 1489 5.1 %RANDOM
Rwork0.19879 ---
all0.20024 27921 --
obs0.20024 27912 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 44 176 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.0032045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2495182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.85924.59574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.08215269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5761512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0630.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8521.5945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16621472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3583663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1484.5573
LS精密化 シェル解像度: 1.723→1.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 107 -
Rwork0.274 1731 -
obs--87.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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