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- PDB-2hpi: Eubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hpi
タイトルEubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Homologous: X-ray Structure of DNA Polymerase III
要素DNA polymerase III alpha subunit
キーワードTRANSFERASE / Pol-beta-like Nucleotidyltransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Structure of T. aquaticus DNA Polymerase III Is Distinct from Eukaryotic Replicative DNA Polymerases.
著者: Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8307
ポリマ－137,5791
非ポリマー2506
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: DNA polymerase III alpha subunit
ヘテロ分子

A: DNA polymerase III alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,66014
ポリマ－275,1592
非ポリマー50112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5890 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area101670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.146, 186.875, 125.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III alpha subunit


分子量: 137579.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: dnaE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9XDH5, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 550 MME 0.2M NaCl 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 40361 / Num. obs: 40361 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 45.122 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.629 / ESU R Free: 0.414
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27484 2010 5 %RANDOM
Rwork0.22239 ---
obs0.22495 38236 97.52 %-
all-40246 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 127.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.14 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----6.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9127 0 6 22 9155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229307
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1121.98412562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93251133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11122.967455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.11151647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5161598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.24223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.26205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0890.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0240.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.73135821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97949096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.77963861
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.69693466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 101 -
Rwork0.361 1966 -
obs--74.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68410.74161.07325.1-0.06373.5901-0.1704-0.64160.38010.63530.1424-0.0346-0.0938-0.11930.028-0.35680.25990.0084-0.401-0.1019-0.4231-44.05716.222521.7507
22.93584.90742.79413.62057.07024.55060.7468-0.38570.11930.9863-0.52611.0946-0.031-2.2137-0.2206-0.2068-0.05940.16240.28490.12890.1874-63.9471-14.779518.8455
30.3070.81060.08627.2397-2.23451.2130.0088-0.0514-0.19870.23970.09220.0577-0.3505-0.6302-0.1011-0.4159-0.1280.0622-0.33480.1224-0.3213-50.692-21.234116.0427
47.43481.68252.07756.98690.28886.40440.0364-0.008-0.35420.0185-0.12561.23710.6284-1.6310.0892-0.441-0.42230.04110.06170.18590.1284-67.939-39.670319.2555
57.2733.13721.97493.06982.55032.2167-0.1465-0.6059-0.35420.75470.2875-0.80670.56730.353-0.14090.36130.3307-0.33410.16460.14950.2388-23.0798-2.756334.3762
65.3973-0.6021-2.50685.3078-0.1889.56850.0006-0.043-0.7176-0.1947-0.1046-0.17990.22580.27620.104-0.5913-0.29620.0645-0.65140.0522-0.337-34.472-41.063318.484
77.7661-2.406-2.54673.5911.55469.1562-0.5808-1.53340.05381.24980.53640.1836-0.6090.23610.0444-0.1167-0.25310.1029-0.17150.2179-0.2039-47.7373-37.336545.0311
81.78770.3661-0.58232.9294-0.42248.1261-0.23630.455-0.0804-0.51190.0064-0.47360.08010.96590.2299-0.395-0.14480.21240.0148-0.0743-0.1268-16.7738-32.3435-11.7031
913.4174-1.1148-1.40159.12570.12589.1522-0.1291-0.11210.6694-0.104-0.2287-0.5942-0.61680.06210.3578-0.2478-0.0299-0.27670.17810.11280.1424-1.8883-23.100316.4564
1011.1636-4.47824.82537.2384-3.05392.55670.07210.43540.29420.1758-0.42080.51510.94920.03420.3488-0.02030.0608-0.11520.3191-0.06060.207111.8776-40.870423.9221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 2855 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2AA286 - 305286 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3AA400 - 492400 - 492
4X-RAY DIFFRACTION3AA575 - 622575 - 622
5X-RAY DIFFRACTION4AA306 - 399306 - 399
6X-RAY DIFFRACTION5AA493 - 574493 - 574
7X-RAY DIFFRACTION6AA623 - 699623 - 699
8X-RAY DIFFRACTION6AA814 - 835814 - 835
9X-RAY DIFFRACTION7AA700 - 813700 - 813
10X-RAY DIFFRACTION8AA836 - 1013836 - 1013
11X-RAY DIFFRACTION9AA1014 - 11281014 - 1128
12X-RAY DIFFRACTION10AA1129 - 12051129 - 1205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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