PDB-2ho5: Crystal structure of Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ho5

タイトル

Crystal structure of Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae

要素

Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Gfo/Idh/MocA family / Streptococcus pneumoniae / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae
著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ho5.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ho5.ent.gz	103.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ho5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iq0
類似構造データ	4iq0-2 3cky-3 3gfg-6 1yb4-d 5je8-2 4d3d-d 5ojl-1 1zyc-1 4d3f-d 1zy5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80523

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.113, 117.113, 102.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family 分子量: 36692.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q97PV8, UniProt: A0A0H2UR04*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 23819 / Num. obs: 23462 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 31.4 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 67.67
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.56→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 25.929 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.734 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26627	1197	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21085	-	-	-
obs	0.21367	22126	98.08 %	-
all	-	22126	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4820	0	0	13	4833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.929	6728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.503	5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.957	24.754	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.264	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.902	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.921	1.5	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.406	2	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.318	3	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.391	4.5	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.56→2.621 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	72	-
R_work	0.327	1358	-
obs	-	-	83.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0488	-0.4569	1.7131	4.1825	0.4662	6.3666	-0.3174	0.1294	0.1724	0.0847	0.2074	0.1339	-0.6516	-0.6504	0.11	-0.2366	0.2005	0.049	0.1536	-0.125	-0.2851	-3.21	38.279	5.87
2	1.9888	-0.6205	1.3994	2.9151	-0.8567	3.924	-0.3862	-0.4714	0.3429	0.4347	0.268	0.1443	-0.3894	-0.7944	0.1182	-0.2815	0.189	0.0654	-0.0116	-0.1476	-0.3621	3.698	32.041	23.394
3	2.711	-0.6939	0.5528	2.891	-0.5386	2.3426	-0.0837	-0.1463	-0.0404	0.1246	0.1115	0.1757	0.1869	-0.5328	-0.0278	-0.2372	0.0349	0.0632	-0.0594	-0.0588	-0.3836	10.596	19.905	25.395
4	5.9489	-0.8183	2.671	6.5949	0.0641	6.4765	0.2504	-1.3221	-0.7248	1.2095	-0.1285	-0.0475	0.9125	-0.069	-0.1219	0.4368	0.1501	-0.1037	0.2654	0.0136	-0.0114	41.269	-1.666	44.95
5	2.6489	-1.5029	1.2531	3.773	0.5192	3.9356	-0.0954	-0.1052	-0.093	0.0324	0.2599	-0.5308	0.5029	0.3094	-0.1645	-0.1518	0.0578	0.0498	-0.1829	-0.053	-0.4079	33.376	3.701	27.693
6	3.0149	-0.6103	0.549	4.2231	1.3599	4.0735	-0.0409	-0.4082	-0.0343	0.333	-0.0012	0.1838	0.4913	-0.4297	0.042	-0.137	-0.0192	0.0372	-0.1239	-0.0222	-0.4033	20.87	10.11	26.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 119	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	120 - 139	120 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	172 - 192	172 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	276 - 320	276 - 320
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	140 - 153	140 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	193 - 275	193 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 119	1 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	120 - 139	120 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	172 - 192	172 - 192
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	276 - 320	276 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	140 - 153	140 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	193 - 275	193 - 275

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