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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ho1 | ||||||
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タイトル | Functional Characterization of Pseudomonas Aeruginosa pilF | ||||||
要素 | Type 4 fimbrial biogenesis protein PilF | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / pilF / Type IV pilus biogenesis / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / TPR / superhelix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / TPR domain binding / 分泌 / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Koo, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008 タイトル: PilF is an outer membrane lipoprotein required for multimerization and localization of the Pseudomonas aeruginosa Type IV pilus secretin. 著者: Koo, J. / Tammam, S. / Ku, S.Y. / Sampaleanu, L.M. / Burrows, L.L. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ho1.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ho1.ent.gz | 84 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ho1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The asymmetric unit contains two pilF monomers. The biological functional unit is unknown. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29004.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pilF / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9HXJ2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.095 mM Sodium-citrate pH 5.6, 19% isopropanol (v/v), 19% PEG 4K (w/v), 5% glycerol (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.980301, 0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | D res high: 2 Å
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→31.3 Å / Num. obs: 45900 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.04 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.7 / Scaling rejects: 2441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.24 Å / FOM : 0.374 / 反射: 20741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Delta phi final: 6.41 / Delta phi initial: 57.21 / FOM : 0.938 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 86847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→31.3 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Only the peak data set at 0.9803 angstroms was used for SAD phasing. Refinement was done against the remote data at 0.95 angstroms.
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溶媒の処理 | Bsol: 61.927 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.626 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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