PDB-2ho1: Functional Characterization of Pseudomonas Aeruginosa pilF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ho1

タイトル

Functional Characterization of Pseudomonas Aeruginosa pilF

要素

Type 4 fimbrial biogenesis protein PilF

キーワード

PROTEIN BINDING / pilF / Type IV pilus biogenesis / Pseudomonas aeruginosa / TPR / superhelix

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / TPR domain binding / secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koo, J.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: PilF is an outer membrane lipoprotein required for multimerization and localization of the Pseudomonas aeruginosa Type IV pilus secretin.
著者: Koo, J. / Tammam, S. / Ku, S.Y. / Sampaleanu, L.M. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.

履歴

登録	2006年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

Remark 300

BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2ho1.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ho1_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ho1_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	2ho1_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	2ho1_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fi7-d 4mer-d 5xac-d 2qm1-1 3bpl-d 5arl-d 4z2m-d 5arj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilF

B: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilF

58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.099, 69.047, 70.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-273- HOH

詳細

The asymmetric unit contains two pilF monomers. The biological functional unit is unknown.

#1: タンパク質	Type 4 fimbrial biogenesis protein PilF 分子量: 29004.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pilF / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9HXJ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.095 mM Sodium-citrate pH 5.6, 19% isopropanol (v/v), 19% PEG 4K (w/v), 5% glycerol (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.980301, 0.95

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.980301	1
2	0.95	1

Reflection

D res high: 2 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
6.95	1	10.9	320217	0.062	0.95	30.85	45717	99.6
7.04	2	10.7	325412	0.061	0.98	28.26	45900	99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.31	30.85	99.6	1	0.04	0.69	6.69	183
3.42	4.31	99	1	0.04	0.62	6.67	42
2.99	3.42	99.7	1	0.058	0.68	7.09	136
2.71	2.99	100	1	0.095	0.78	7.25	226
2.52	2.71	100	1	0.143	0.9	7.28	264
2.37	2.52	100	1	0.212	1.02	7.3	273
2.25	2.37	100	1	0.283	1.12	7.29	302
2.15	2.25	100	1	0.364	1.21	7.29	334
2.07	2.15	100	1	0.451	1.27	6.86	352
2	2.07	97.7	1	0.528	1.33	5.8	290
4.3	28.26	99.7	2	0.034	0.61	6.68	88
3.42	4.3	99.1	2	0.036	0.59	6.69	46
2.99	3.42	99.7	2	0.057	0.66	7.06	117
2.71	2.99	99.9	2	0.104	0.8	7.19	215
2.52	2.71	100	2	0.161	0.95	7.21	259
2.37	2.52	100	2	0.241	1.06	7.22	283
2.25	2.37	100	2	0.32	1.17	7.23	293
2.15	2.25	100	2	0.405	1.26	7.24	343
2.07	2.15	100	2	0.504	1.34	7.22	359
2	2.07	100	2	0.597	1.38	6.64	438

反射

解像度: 2→31.3 Å / Num. obs: 45900 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.04 % / B_iso Wilson estimate: 27.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 10.7 / Scaling rejects: 2441

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	6.64	0.597	2	30473	4524	1.38	100
2.07-2.15	7.22	0.504	2.6	33033	4526	1.34	100
2.15-2.25	7.24	0.405	3.3	33182	4534	1.26	100
2.25-2.37	7.23	0.32	4.1	33221	4556	1.17	100
2.37-2.52	7.22	0.241	5.2	33083	4543	1.06	100
2.52-2.71	7.21	0.161	7.4	33166	4561	0.95	100
2.71-2.99	7.19	0.104	10.7	33187	4585	0.8	99.9
2.99-3.42	7.06	0.057	17.6	32577	4595	0.66	99.7
3.42-4.3	6.69	0.036	26.2	30971	4624	0.59	99.1
4.3-28.26	6.68	0.034	28.8	32519	4852	0.61	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD

D res high: 2.24 Å / FOM : 0.374 / 反射: 20741

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime	F prime
2 wavelength	1	1	0.980301	4.29	-4.33
2 wavelength	1	2	0.95

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power (kW)	反射
PEAK_ANO	7.35-30.85	2.43	2075
PEAK_ANO	4.57-7.35	2.34	2074
PEAK_ANO	3.85-4.57	2.2	2074
PEAK_ANO	3.45-3.85	2.09	2074
PEAK_ANO	3.16-3.45	1.98	2074
PEAK_ANO	2.95-3.16	1.83	2074
PEAK_ANO	2.76-2.95	1.74	2074
PEAK_ANO	2.6-2.76	1.52	2074
PEAK_ANO	2.44-2.6	1.15	2074
PEAK_ANO	2.24-2.44	0.8	2074

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
2.24-2.44	0.179	2074
2.44-2.6	0.237	2074
2.6-2.76	0.3	2074
2.76-2.95	0.343	2074
2.95-3.16	0.371	2074
3.16-3.45	0.42	2074
3.45-3.85	0.435	2074
3.85-4.57	0.46	2074
4.57-7.34	0.487	2074
7.34-30.85	0.511	2074

Phasing dm

Delta phi final: 6.41 / Delta phi initial: 57.21 / FOM : 0.938 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 86847

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.99-40	1.212	0.947	2013
5.56-6.99	3.624	0.972	2041
4.86-5.56	3.766	0.974	2011
4.41-4.86	3.734	0.976	2013
4.1-4.41	4.408	0.973	2011
3.85-4.1	5.803	0.967	2039
3.66-3.85	6.547	0.977	2013
3.5-3.66	5.471	0.94	2009
3.37-3.5	6.774	0.963	2054
3.25-3.37	8.105	0.942	1991
3.15-3.25	7.865	0.93	2031
3.06-3.15	8.766	0.93	2019
2.98-3.06	7.494	0.933	2024
2.91-2.98	8.67	0.886	2002
2.84-2.91	7.475	0.89	2050
2.78-2.84	8.474	0.892	2020
2.72-2.78	8.241	0.905	1997
2.67-2.72	7.808	0.896	2026
2.63-2.67	8.154	0.873	2035
2.58-2.63	7.914	0.872	2006
2.54-2.58	8.656	0.863	2042
2.5-2.54	8.574	0.874	2002
2.46-2.5	7.982	0.879	2020
2.43-2.46	8.547	0.851	2024
2.4-2.43	8.351	0.868	2003
2.37-2.4	7.99	0.874	2057
2.34-2.37	7.437	0.843	1964
2.31-2.34	7.077	0.919	2037
2.28-2.31	6.086	0.928	2011
2.25-2.28	6.982	0.868	2041
2.23-2.25	5.363	0.989	2010
2.21-2.23	5.377	0.959	2038
2.18-2.21	4.886	0.998	1981
2.16-2.18	4.791	0.998	2039
2.14-2.16	4.88	0.997	1990
2.12-2.14	4.727	0.998	2042
2.1-2.12	4.666	0.997	2026
2.08-2.1	4.787	0.998	1990
2.07-2.08	5.091	0.997	2017
2.05-2.07	5.156	0.998	2004
2.03-2.05	5.427	0.997	2044
2.02-2.03	5.783	0.997	2041
2-2.02	6.516	0.997	2019

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.5L	データスケーリング
SnB		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→31.3 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Only the peak data set at 0.9803 angstroms was used for SAD phasing. Refinement was done against the remote data at 0.95 angstroms.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	2070	4.5 %	Random
R_work	0.209	-	-	-
all	0.242	-	-	-
obs	0.242	41179	89.9 %	-

溶媒の処理

B_sol: 61.927 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.533 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.813 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.346 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.34 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→31.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	0	312	3849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.473	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.382	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.37	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.427	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.010081
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.36265

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	R_factor R_free error	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2-2.13	0.335	217	0.314	0.023	4497	59.8
2.13-2.29	0.314	299	0.29	0.018	6446	85.4
2.29-2.52	0.295	375	0.258	0.015	7451	98.6
2.52-2.88	0.268	399	0.229	0.013	7540	99.4
2.88-3.63	0.237	397	0.207	0.012	7592	99.2
3.63-31.26	0.228	382	0.185	0.012	7641	96.4

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)