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万見
- PDB-2hm8: Solution Structure of the C-terminal MA-3 domain of Pdcd4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hm8
タイトルSolution Structure of the C-terminal MA-3 domain of Pdcd4
要素Pdcd4 C-terminal MA-3 domain
キーワードAPOPTOSIS / atypical HEAT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of inflammatory response ...negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 4 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Waters, L.C. / Veverka, V. / Bohm, M. / Muskett, F.W. / Choong, P.T. / Klempnauer, K.H. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2007
タイトル: Structure of the C-terminal MA-3 domain of the tumour suppressor protein Pdcd4 and characterization of its interaction with eIF4A
著者: Waters, L.C. / Veverka, V. / Bohm, M. / Schmedt, T. / Choong, P.T. / Muskett, F.W. / Klempnauer, K.H. / Carr, M.D.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pdcd4 C-terminal MA-3 domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5051
ポリマ－15,5051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)49 / 100target function
代表モデルモデル #33closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pdcd4 C-terminal MA-3 domain / Pdcd4 protein


分子量: 15504.788 Da / 分子数: 1 / 断片: MA-3 protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd4, MA-3 / プラスミド: pGEX6P2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q61823

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D NOESY
1242D TOCSY
1333D 13C-separated NOESY
1423D 15N-separated NOESY
1533D (H)CCH-TOCSY
1623D 15N TOCSY
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM U-15N, 13C Pdcd4 MA-3C; 100mM NaCl, 25mM NAH2PO4, 0.5mM DTT, 10uM EDTA, pH6.510% D20, 90% H20
20.6mM U-15N Pdcd4 MA-3C; 100mM NaCl, 25mM NAH2PO4, 0.5mM DTT, 10uM EDTA, pH6.510% D20, 90% H20
31mM U-13C (unlabelled aromatics) Pdcd4 MA-3C; 100mM NaCl, 25mM NAH2PO4, 0.5mM DTT, 10uM EDTA, pH6.5100% D20
41mM unlabelled 13C Pdcd4 MA-3C; 100mM NaCl, 25mM NAH2PO4, 0.5mM DTT, 10uM EDTA, pH6.5100% D20
試料状態イオン強度: 150mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3variancollection
TopSpin1.2brukercollection
NMRPipe97.027.12.56Delaglio解析
TopSpin1.2bruker解析
Sparky3T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
CYANA2.1Guentert構造決定
CYANA2.1Guentert精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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