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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hld | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast mitochondrial F1-ATPase | ||||||
要素 | (ATP synthase ...) x 5 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ATP PHOSPHORYLASE (H+ TRANSPORTING) / ATP SYNTHASE / F1FO / F1-ATPASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / Mitochondrial protein degradation / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) ...: / : / : / Mitochondrial protein degradation / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial intermembrane space / ADP binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kabaleeswaran, V. / Puri, N. / Walker, J.E. / Leslie, A.G. / Mueller, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Novel features of the rotary catalytic mechanism revealed in the structure of yeast F(1) ATPase. 著者: Kabaleeswaran, V. / Puri, N. / Walker, J.E. / Leslie, A.G. / Mueller, D.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of the mitochondrial F1-ATPase from the yeast Saccharomyces cerevisiae. 著者: Mueller, D.M. / Puri, N. / Kabaleeswaran, V. / Terry, C. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2004 タイトル: The structure of bovine F1-ATPase inhibited by ADP and beryllium fluoride. 著者: Kagawa, R. / Montgomery, M.G. / Braig, K. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structure of bovine mitochondrial F(1)-ATPase with nucleotide bound to all three catalytic sites: implications for the mechanism of rotary catalysis. 著者: Menz, R.I. / Walker, J.E. / Leslie, A.G. #4: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The structure of the central stalk in bovine F1-ATPase at 2.4 A resolution 著者: Gibbons, C. / Montgomery, M.G. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #5: ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Molecular architecture of the rotary motor in ATP synthase. 著者: Stock, D. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #6: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Structure at 2.8 A resolution of F1-ATPase from bovine heart mitochondria 著者: Abrahams, J.P. / Leslie, A.G. / Lutter, R. / Walker, J.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 400 | COMPOUND THE F1-ATPASE MOLECULE HAS THREE COPIES OF THE ALPHA SUBUNIT AND THREE COPIES OF THE BETA ... COMPOUND THE F1-ATPASE MOLECULE HAS THREE COPIES OF THE ALPHA SUBUNIT AND THREE COPIES OF THE BETA SUBUNIT. THERE ARE THREE COPIES OF THE F1 ATPASE IN THE ASYMMETRIC UNIT FORMED BY CHAINS A-I (COPY 1), J-R (COPY 2), AND S-1 (COPY 3). THERE ARE THREE CATALYTIC AND THREE NONCATALYTIC NUCLEOTIDE BINDING SITES FORMED BY THE ALPHA AND BETA SUBUNITS. THE ALPHA AND BETA SUBUNITS ARE NAMED AS RELATING TO THE CORRESPONDING SUBUNITS FORMING THE ACTIVE SITES, AS IN REFERENCE 6, BETA (DP), BETA (E), AND BETA (TP). THE CORRESPONDENCE BETWEEN THE SUBUNIT NAMES AND THE CHAIN IDENTIFIERS IS GIVEN BELOW: CHAIN A, J, S: ALPHA SUBUNIT(E) CHAIN B, K, T: ALPHA SUBUNIT (TP) CHAIN C, L, U: ALPHA SUBUNIT (DP) CHAIN D, M, V: BETA SUBUNIT (DP) CHAIN E, N, W: BETA SUBUNIT (E) CHAIN F, O, X: BETA SUBUNIT (TP) CHAIN G, P, Y: GAMMA SUBUNIT CHAIN H, Q, Z: DELTA SUBUNIT CHAIN I, R, 1: EPSILON SUBUNIT IN YEAST F1-ATPASE THE CATALYTIC DP AND TP SITES ARE OCCUPIED WITH AMP/PNP AND CHAIN N HAS PHOSPHATE BOUND. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IN THE COORDINATES IS WITH RESPECT TO THE MATURE PEPTIDE. THE ...SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IN THE COORDINATES IS WITH RESPECT TO THE MATURE PEPTIDE. THE NUMBERING IN THE SEQUENCE DATABASE IS UNPROCESSED PRECURSOR NUMBERING. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hld.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hld.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hld | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1e1qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 1
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