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- PDB-2hl7: Crystal structure of the periplasmic domain of CcmH from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hl7
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of CcmH from Pseudomonas aeruginosa
要素Cytochrome C-type biogenesis protein CcmH
キーワードOXIDOREDUCTASE / Three-helices bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C biogenesis protein / CcmH/CycL/Ccl2/NrfF family / CcmH/CycL/Ccl2/NrfF domain superfamily / Cytochrome C biogenesis protein / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Di Matteo, A. / Travaglini-Allocatelli, C. / Gianni, S. / Brunori, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: A strategic protein in cytochrome c maturation: three-dimensional structure of CcmH and binding to apocytochrome c
著者: Di Matteo, A. / Gianni, S. / Schinina, M.E. / Giorgi, A. / Altieri, F. / Calosci, N. / Brunori, M. / Travaglini-Allocatelli, C.
#1: ジャーナル: Arch.Microbiol. / 年: 1999
タイトル: Characterization of the Escherichia coli CcmH protein reveals new insights into the redox pathway required for cytochrome c maturation
著者: Fabianek, R.A. / Hofer, T. / Thony-Meyer, L.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: AtCCMH, an essential component of the c-type cytochrome maturation pathway in Arabidopsis mitochondria, interacts with apocytochrome c
著者: Meyer, E.H. / Giege, P. / Gelhaye, E. / Rayapuram, N. / Ahuja, U. / Thony-Meyer, L. / Grienenberger, J.M. / Bonnard, G.
履歴
登録2006年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE This coordinates is used non-sequential residue numbering. Number 0 was simply skipped in ...SEQUENCE This coordinates is used non-sequential residue numbering. Number 0 was simply skipped in the numbering and have nothing to do with lack of electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C-type biogenesis protein CcmH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0153
ポリマ－9,6271
非ポリマー3882
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.073, 45.414, 48.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C-type biogenesis protein CcmH / Thiolo:disulfide interchange protein CCMH / CcmH: Thiol-oxidoreductase


分子量: 9626.693 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic domain, residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9I3N0
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2745.9
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2941蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.520% PEG 1000, 0.1M Tris-HCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
2942蒸気拡散法, ハンギングドロップ法838% PEG 6000, 0.8M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97920, 0.97940, 0.97560
シンクロトロンESRF ID14-420.931
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年2月15日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年7月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1Khozu monochromator with a McLennon controller containing a LN2 cooled Si111 crystal
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.97561
40.9311
反射解像度: 1.7→33 Å / Num. all: 10212 / Num. obs: 10212 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.757 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23493 478 4.8 %RANDOM
Rwork0.20941 ---
all0.21065 10116 --
obs0.21065 9417 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数653 0 20 70 743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.972914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.276581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00224.47438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12215113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.972156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0161.5419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6212651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3113298
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3544.5263
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 31 -
Rwork0.281 675 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8401-1.74350.82028.8753-1.46763.9838-0.00810.2071-0.0958-0.53890.01130.01390.2476-0.0993-0.00320.01980.00210.0161-0.04240.0099-0.0953-0.53416.12911.271
25.8195-5.0253.20058.9002-7.19236.0603-0.1506-0.1930.22410.780.028-0.4328-0.61260.00390.12260.0770.0062-0.0779-0.0435-0.0434-0.05294.30820.14520.715
35.8556-5.86722.311417.6465-3.88149.0928-0.3787-0.26090.64810.50570.2742-2.5232-0.79770.30980.1045-0.1029-0.0245-0.0405-0.053-0.05430.397810.94424.82514.843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 2617 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2AA42 - 5946 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3AA61 - 7465 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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