PDB-2hk0: Crystal structure of D-psicose 3-epimerase (DPEase) in the absenc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hk0

タイトル

Crystal structure of D-psicose 3-epimerase (DPEase) in the absence of substrate

要素

D-PSICOSE 3-EPIMERASE

キーワード

ISOMERASE / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

D-psicose 3-epimerase / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / cobalt ion binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, K. / Kim, H.J. / Oh, D.K. / Cha, S.S. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of d-Psicose 3-epimerase from Agrobacterium tumefaciens and its Complex with True Substrate d-Fructose: A Pivotal Role of Metal in Catalysis, an Active Site for the ...
著者: Kim, K. / Kim, H.J. / Oh, D.K. / Cha, S.S. / Rhee, S.

履歴

登録	2006年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hk0.cif.gz	239 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hk0.ent.gz	200.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hk0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hk0_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hk0_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	2hk0_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	2hk0_validation.cif.gz	72.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/2hk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/2hk0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vnm-d 2hk1-d 3vnj-d 3vnk-d 3vni-d 4kgk-d 7a19-1 5l8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-PSICOSE 3-EPIMERASE

B: D-PSICOSE 3-EPIMERASE

C: D-PSICOSE 3-EPIMERASE

D: D-PSICOSE 3-EPIMERASE

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.400, 113.000, 131.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a tetramer, which is generated from subunits A-D to B-C by crystallographic symmetric operation.

#1: タンパク質	D-PSICOSE 3-EPIMERASE / D-tagatose 3-epimerase / DTEASE / AGR_L_260p 分子量: 34210.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8U6Q7, UniProt: A9CH28*PLUS, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

D-PSICOSE 3-EPIMERASE / D-tagatose 3-epimerase / DTEASE / AGR_L_260p

分子量: 34210.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U6Q7, UniProt: A9CH28*PLUS, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14%(w/v) PEG 1000, 0.1M imidazole (pH 8.0), 0.2M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	297	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 6B / 波長: 0.97900, 0.97913, 0.97133

検出器

タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.97913	1
3	0.97133	1

Reflection

D res high: 2 Å / D res low: 30 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	8.2	1438592	0.136	0.97	99936	99.6
2	8.3	969255	0.119	1.01	102575	99.4
3	7.2	967917	0.126	1	103227	99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.31	30	99.9	1	0.066	2.059
3.42	4.31	100	1	0.071	1.27
2.99	3.42	99.9	1	0.098	1.151
2.71	2.99	99.7	1	0.148	0.968
2.52	2.71	99.7	1	0.212	0.825
2.37	2.52	99.5	1	0.277	0.756
2.25	2.37	99.5	1	0.36	0.657
2.15	2.25	99.3	1	0.47	0.625
2.07	2.15	99.2	1	0.646	0.662
2	2.07	99	1	0.874	0.626
4.31	30	100	2	0.056	1.86
3.42	4.31	99.9	2	0.063	1.261
2.99	3.42	99.8	2	0.092	1.189
2.71	2.99	99.7	2	0.147	1.009
2.52	2.71	99.5	2	0.217	0.9
2.37	2.52	99.4	2	0.293	0.824
2.25	2.37	99.2	2	0.397	0.747
2.15	2.25	99.3	2	0.537	0.713
2.07	2.15	98.9	2	0.741	0.769
2	2.07	98.7	2		0.705
4.31	30	100	3	0.048	1.292
3.42	4.31	99.9	3	0.063	1.133
2.99	3.42	99.8	3	0.104	1.146
2.71	2.99	99.7	3	0.189	1.032
2.52	2.71	99.5	3	0.299	0.936
2.37	2.52	99.4	3	0.432	0.907
2.25	2.37	99.2	3	0.614	0.877
2.15	2.25	99.2	3	0.846	0.852
2.07	2.15	98.9	3		0.895
2	2.07	97.9	3		0.858

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 99936 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 0.968

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.849 / Num. unique all: 9800 / Χ²: 0.626 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.52 / 反射: 74053

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.979	4.6	-10.21
1	3 wavelength	2	0.9791	3.1	-8.5
1	3 wavelength	3	0.9713	2.28	-4.92

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	28.967	0.818	0.574	0.074	0.833
2	Se	25.824	0.79	0.796	0.021	0.969
3	Se	26.705	0.808	0.831	0.191	0.95
4	Se	27.542	0.873	0.726	0.187	0.861
5	Se	39.842	0.905	0.833	0.041	1.073
6	Se	7.649	0.043	0.576	0.207	0.665
7	Se	22.717	0.87	0.704	0.045	0.661
8	Se	28.741	0.728	0.745	0.176	0.713
9	Se	25.808	0.003	0.036	0.23	0.853
10	Se	25.299	0.218	0.247	0.219	0.756
11	Se	34.575	0.021	0.514	0.002	0.825
12	Se	29.216	0.807	0.489	0.034	0.868
13	Se	34.049	0.883	0.895	0.203	0.722
14	Se	26.127	0.922	0.723	0.011	0.716
15	Se	18.909	0.97	0.67	0.182	0.664
16	Se	9.681	0.955	0.501	0.063	0.597
17	Se	29.398	0.696	0.757	0.009	0.802
18	Se	31.678	0.887	0.603	0.07	0.819
19	Se	30.588	0.111	0.697	0.224	0.883
20	Se	20.07	0.827	0.694	0.221	0.613
21	Se	32.914	0.871	0.497	0.136	0.815
22	Se	37.293	0.397	0.733	0.059	0.864
23	Se	24.593	0.025	0.712	0.175	0.711
24	Se	60	0.096	0.633	0.127	1.123

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
7.85-30	0.86	3848
4.98-7.85	0.83	6463
3.9-4.98	0.78	8187
3.31-3.9	0.7	9505
2.92-3.31	0.57	10532
2.65-2.92	0.42	11284
2.44-2.65	0.32	11902
2.27-2.44	0.21	12332

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.72 / 反射: 74054 / Reflection acentric: 68588 / Reflection centric: 5466

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-29.562	0.95	0.96	0.92	3539	2816	723
3.9-6.3	0.93	0.94	0.87	10492	9310	1182
3.1-3.9	0.89	0.9	0.8	12945	11901	1044
2.8-3.1	0.77	0.78	0.71	12703	11856	847
2.4-2.8	0.6	0.6	0.54	21601	20492	1109
2.2-2.4	0.41	0.41	0.4	12774	12213	561

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	9704	9.4 %	Random
R_work	0.197	-	-	-
all	0.197	103700	-	-
obs	0.197	97182	93.7 %	-

溶媒の処理

B_sol: 42.556 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.404 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.869 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.343 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.526 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8916	0	0	759	9675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.373	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.392	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.963	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.381	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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