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- PDB-2hk0: Crystal structure of D-psicose 3-epimerase (DPEase) in the absenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hk0
タイトルCrystal structure of D-psicose 3-epimerase (DPEase) in the absence of substrate
要素D-PSICOSE 3-EPIMERASE
キーワードISOMERASE / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


D-psicose 3-epimerase / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / cobalt ion binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-psicose 3-epimerase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, K. / Kim, H.J. / Oh, D.K. / Cha, S.S. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of d-Psicose 3-epimerase from Agrobacterium tumefaciens and its Complex with True Substrate d-Fructose: A Pivotal Role of Metal in Catalysis, an Active Site for the ...タイトル: Crystal Structure of d-Psicose 3-epimerase from Agrobacterium tumefaciens and its Complex with True Substrate d-Fructose: A Pivotal Role of Metal in Catalysis, an Active Site for the Non-phosphorylated Substrate, and its Conformational Changes
著者: Kim, K. / Kim, H.J. / Oh, D.K. / Cha, S.S. / Rhee, S.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-PSICOSE 3-EPIMERASE
B: D-PSICOSE 3-EPIMERASE
C: D-PSICOSE 3-EPIMERASE
D: D-PSICOSE 3-EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8414
ポリマ－136,8414
非ポリマー00
水13,673759
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area40680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.400, 113.000, 131.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer, which is generated from subunits A-D to B-C by crystallographic symmetric operation.

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要素

#1: タンパク質
D-PSICOSE 3-EPIMERASE / D-tagatose 3-epimerase / DTEASE / AGR_L_260p


分子量: 34210.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U6Q7, UniProt: A9CH28*PLUS, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14%(w/v) PEG 1000, 0.1M imidazole (pH 8.0), 0.2M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12971
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97900, 0.97913, 0.97133
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979131
30.971331
Reflection

D res high: 2 Å / D res low: 30 Å

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
18.214385920.1360.979993699.6
28.39692550.1191.0110257599.4
37.29679170.126110322799.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.313099.910.0662.059
3.424.3110010.0711.27
2.993.4299.910.0981.151
2.712.9999.710.1480.968
2.522.7199.710.2120.825
2.372.5299.510.2770.756
2.252.3799.510.360.657
2.152.2599.310.470.625
2.072.1599.210.6460.662
22.079910.8740.626
4.313010020.0561.86
3.424.3199.920.0631.261
2.993.4299.820.0921.189
2.712.9999.720.1471.009
2.522.7199.520.2170.9
2.372.5299.420.2930.824
2.252.3799.220.3970.747
2.152.2599.320.5370.713
2.072.1598.920.7410.769
22.0798.720.705
4.313010030.0481.292
3.424.3199.930.0631.133
2.993.4299.830.1041.146
2.712.9999.730.1891.032
2.522.7199.530.2990.936
2.372.5299.430.4320.907
2.252.3799.230.6140.877
2.152.2599.230.8460.852
2.072.1598.930.895
22.0797.930.858
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 99936 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.968
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.849 / Num. unique all: 9800 / Χ2: 0.626 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.2 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.52 / 反射: 74053
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.9794.6-10.21
13 wavelength20.97913.1-8.5
13 wavelength30.97132.28-4.92
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se28.9670.8180.5740.0740.833
2Se25.8240.790.7960.0210.969
3Se26.7050.8080.8310.1910.95
4Se27.5420.8730.7260.1870.861
5Se39.8420.9050.8330.0411.073
6Se7.6490.0430.5760.2070.665
7Se22.7170.870.7040.0450.661
8Se28.7410.7280.7450.1760.713
9Se25.8080.0030.0360.230.853
10Se25.2990.2180.2470.2190.756
11Se34.5750.0210.5140.0020.825
12Se29.2160.8070.4890.0340.868
13Se34.0490.8830.8950.2030.722
14Se26.1270.9220.7230.0110.716
15Se18.9090.970.670.1820.664
16Se9.6810.9550.5010.0630.597
17Se29.3980.6960.7570.0090.802
18Se31.6780.8870.6030.070.819
19Se30.5880.1110.6970.2240.883
20Se20.070.8270.6940.2210.613
21Se32.9140.8710.4970.1360.815
22Se37.2930.3970.7330.0590.864
23Se24.5930.0250.7120.1750.711
24Se600.0960.6330.1271.123
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.85-300.863848
4.98-7.850.836463
3.9-4.980.788187
3.31-3.90.79505
2.92-3.310.5710532
2.65-2.920.4211284
2.44-2.650.3211902
2.27-2.440.2112332
Phasing dmFOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.72 / 反射: 74054 / Reflection acentric: 68588 / Reflection centric: 5466
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.3-29.5620.950.960.9235392816723
3.9-6.30.930.940.871049293101182
3.1-3.90.890.90.812945119011044
2.8-3.10.770.780.711270311856847
2.4-2.80.60.60.5421601204921109
2.2-2.40.410.410.41277412213561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 9704 9.4 %Random
Rwork0.197 ---
all0.197 103700 --
obs0.197 97182 93.7 %-
溶媒の処理Bsol: 42.556 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.869 Å20 Å20 Å2
2--3.343 Å20 Å2
3---3.526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8916 0 0 759 9675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3922
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3812.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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