PDB-2hih: Crystal structure of Staphylococcus hyicus lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hih

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus hyicus lipase

要素

Lipase 46 kDa form

キーワード

HYDROLASE / lipase / A1 phospholipase / phospholipid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / phospholipase activity / phosphatidylcholine catabolic process / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus hyicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Tiesinga, J.J.W. / van Pouderoyen, G. / Nardini, M. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of phospholipase activity of Staphylococcus hyicus lipase.
著者: Tiesinga, J.J. / van Pouderoyen, G. / Nardini, M. / Ransac, S. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2006年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hih.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hih.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hih_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hih_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	2hih_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	2hih_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ji3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eyy-d 4qlo-d 5ce5-d 5w3t-3 6ymh-d 2w22-d 6e9o-1 3ly9-d 4bkr-d 6eyx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase 46 kDa form

B: Lipase 46 kDa form

ヘテロ分子

96.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase 46 kDa form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase 46 kDa form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.310, 77.960, 169.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	29 - 35	64 - 70
2	1	PHE	PHE	ALA	ALA	B	B	29 - 35	64 - 70
3	2	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	7 - 11	42 - 46
4	2	ALA	ALA	PRO	PRO	B	B	7 - 11	42 - 46
5	3	TYR	TYR	GLY	GLY	A	A	40 - 84	75 - 119
6	3	TYR	TYR	GLY	GLY	B	B	40 - 84	75 - 119
7	4	GLN	GLN	LYS	LYS	A	A	201 - 221	236 - 256
8	4	GLN	GLN	LYS	LYS	B	B	201 - 221	236 - 256
9	5	GLY	GLY	SER	SER	A	A	283 - 326	318 - 361
10	5	GLY	GLY	SER	SER	B	B	283 - 326	318 - 361
11	6	LYS	LYS	SER	SER	A	A	329 - 337	364 - 372
12	6	LYS	LYS	SER	SER	B	B	329 - 337	364 - 372
13	7	HIS	HIS	SER	SER	A	A	368 - 392	403 - 427
14	7	HIS	HIS	SER	SER	B	B	368 - 392	403 - 427
15	8	PRO	PRO	GLY	GLY	A	A	14 - 25	49 - 60
16	8	PRO	PRO	GLY	GLY	B	B	14 - 25	49 - 60
17	9	VAL	VAL	SER	SER	A	A	86 - 198	121 - 233
18	9	VAL	VAL	SER	SER	B	B	86 - 198	121 - 233
19	10	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	223 - 258	258 - 293
20	10	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	223 - 258	258 - 293
21	11	LEU	LEU	THR	THR	A	A	339 - 366	374 - 401
22	11	LEU	LEU	THR	THR	B	B	339 - 366	374 - 401
23	12	LYS	LYS	HIS	HIS	A	A	260 - 278	295 - 313
24	12	LYS	LYS	HIS	HIS	B	B	260 - 278	295 - 313

#1: タンパク質	Lipase 46 kDa form 分子量: 48357.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus hyicus (バクテリア) 遺伝子: lip / プラスミド: pSHT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE 3) / 参照: UniProt: P04635, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NaCl, Na succinate, DMSO, isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→26.71 Å / Num. all: 22929 / Num. obs: 22929 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.088
反射シェル	解像度: 2.86→2.93 Å / Num. unique all: 1663 / % possible all: 99.7

-
位相決定

Phasing MR	R rigid body: 0.488 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.387 / Cor.coef. Io to Ic: 0.393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JI3

1ji3

解像度: 2.86→26.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.846 / SU B: 13.948 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.428
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	2322	10.1 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.213	22929	-	-
obs	0.213	22929	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→26.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6143	0	4	26	6173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	6302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.786	1.925	8526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	3	12512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.783	5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.146	24.5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.114	15	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.157	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.3	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.3	5376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.5	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.13	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.164	1.5	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.03	1.5	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.286	2	6103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.355	3	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.582	4.5	2423

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5415 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
MEDIUM THERMAL	0.14	2

LS精密化シェル

解像度: 2.86→2.934 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	165	-
R_work	0.275	1498	-
obs	-	1663	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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