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- PDB-2hh8: Solution NMR structure of the ydfO protein from Escherichia coli.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hh8
タイトルSolution NMR structure of the ydfO protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER251.
要素Hypothetical protein ydfO
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ER251 / AutoStructure / NESG / PSI-2 / Northeast Structural Genomics Consortium / Protein Structure Initiative
機能・相同性YdfO-like fold / YdfO-like / Uncharacterised protein DUF1398 / YdfO-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1398) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein YdfO
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / Noesy assignments made with iterative method using CS, 3J, Hyper (dihedral), and Dyana for simulated annealing MD. Converged structures are further refined using NIH-xplor, CNS in explicit water shell (Nielges) . Full lenght sequence was carried through the refinement protocol, the disordered regions, hexHIS tag are not reported. Structure based on 1885 constraints, 788 long range, 142 dihedral constraints, 114 H-bond constraints.
データ登録者Rossi, P. / Cort, J.R. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. ...Rossi, P. / Cort, J.R. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the ydfO protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER251.
著者: Rossi, P. / Cort, J.R. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ydfO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1471
ポリマ－18,1471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ydfO


分子量: 18146.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Escherichia coli O6 / 遺伝子: ydfO / プラスミド: ER251_21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: UniProt: P76156

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131(H)CCH-TOCSY, (H)CCH-COSY,CC(CO)NH-TOCSY
1413D-HN(CA)CB, HN(CO)CACB, HBHA(CO)NH, HNCO
152C13 HSQC noct Stereospecific VL Me assign.
162Het-NOE, T1/T1rho
1733D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Structure determined by triple resonance NMR spectroscopy. Monomer under NMR conditions. TC = 9.1 +/-0.5 ns (1D T1/T1rho +/- FIT STD). Coordinates reported from residue 7 to 133 based on order ...Text: Structure determined by triple resonance NMR spectroscopy. Monomer under NMR conditions. TC = 9.1 +/-0.5 ns (1D T1/T1rho +/- FIT STD). Coordinates reported from residue 7 to 133 based on order parameter. AutoAssign used for backbone assignment, manually completed sidechain. 13C and 15N NOESY were assigned with AutoStructure. Dihedral angle restraints determined by HYPER . Assignment stats (excluding C-term tag): backbone 96.7%, sidechain 83.7%, aromatic (sc) 79.8%, VL methyl stereospecific 100%, unambiguos sidechain NH2 88.9%. Structure quality factor PSVS 1.3: ordered residues ranges alpha helix (8-22, 26-35, 76-88, 93-102), b-strand (39-43, 48-52, 58-62, 107-111, 116-120, 126-131) [S(phi)+S(psi)]>1.8. RMSD 0.5 bb, 1.1 all heavy atoms. Rama: 87.4% most fav, 12.5% addtl. all., 0.0 gen. all.,0.0% disall. Procheck (psi-phi): -0.17/-0.35 (raw/Z), Procheck (all): -0.15/-0.89 (raw/Z), MolProbity Clash: 24.43/-2.67 (raw/Z) . RPF scores all assigned residues (fit of noesy peaklists to structure): Recall: 0.965, Precision: 0.919, F-measure: 0.942, DP-score: 0.817. L139F cloning mutation of E. coli ydfO gene present.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.69mM U-13C,15N ER251, 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM Ammonium acetate, 5% D2O5% D2O, 95% H2O
20.74mM 5%-13C,U-15N ER251 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM Ammonium acetate, 5% D2O5% D2O, 95% H2O
30.69mM U-13C,15N ER251, 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM Ammonium acetate, 5% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 0.1 M NaCl / pH: 4.5 / 圧: atmospheric atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA7503
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
DYANA1.2Gunthert構造決定
X-PLOR2.11.2Clore精密化
NMRPipe2005Delaglio解析
Sparky3.11Goddard & Knellerデータ解析
AutoAssign2.2.1Zimmerman, Moseley, Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1.1Huang, Montelione構造決定
HYPER2.1Tejero, Montelione構造決定
PdbStat4.1Tejero, Montelioneデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya, Montelione精密化
CNS1.1Brunger精密化
Procheck NMR3.51Laskowski, MacArthur精密化
MolProbity3.01Lovell, Richardson et. al.精密化
精密化手法: Noesy assignments made with iterative method using CS, 3J, Hyper (dihedral), and Dyana for simulated annealing MD. Converged structures are further refined using NIH-xplor, CNS in explicit ...手法: Noesy assignments made with iterative method using CS, 3J, Hyper (dihedral), and Dyana for simulated annealing MD. Converged structures are further refined using NIH-xplor, CNS in explicit water shell (Nielges) . Full lenght sequence was carried through the refinement protocol, the disordered regions, hexHIS tag are not reported. Structure based on 1885 constraints, 788 long range, 142 dihedral constraints, 114 H-bond constraints.
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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