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- PDB-2hfg: Crystal structure of hBR3 bound to CB3s-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hfg
タイトルCrystal structure of hBR3 bound to CB3s-Fab
要素
  • CB3s Fab heavy chain
  • CB3s Fab light chain (kappa)
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
キーワードIMMUNE SYSTEM / fab fragment / TNFRSF / antibody-receptor complex / CRD
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / T cell costimulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein DKFZp686I04196 / : / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2006
タイトル: Synthetic anti-BR3 antibodies that mimic BAFF binding and target both human and murine B cells.
著者: Lee, C.V. / Hymowitz, S.G. / Wallweber, H.J. / Gordon, N.C. / Billeci, K.L. / Tsai, S.P. / Compaan, D.M. / Yin, J. / Gong, Q. / Kelley, R.F. / Deforge, L.E. / Martin, F. / Starovasnik, M.A. / Fuh, G.
履歴
登録2006年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CB3s Fab light chain (kappa)
H: CB3s Fab heavy chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9883
ポリマ－52,9883
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.408, 146.408, 146.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: 抗体 CB3s Fab light chain (kappa)


分子量: 23250.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY / 細胞株 (発現宿主): 4B8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIH7
#2: 抗体 CB3s Fab heavy chain


分子量: 24414.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY / 細胞株 (発現宿主): 4B8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N093
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / B cell-activating factor receptor / BAFF receptor / BAFF-R / BLyS receptor 3 / CD268 antigen


分子量: 5323.125 Da / 分子数: 1 / Fragment: cysteine rich domain (residues 7-54) / Mutation: V20N, L27P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF13C, BAFFR, BR3 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: Q96RJ3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化詳細: Drops contained 2.1 microliters protein solution (pH 6.5) and 2.9 microliters of (0.1M citric acid pH 3.0, 24% PEG 3350, and 0.1 M Praseodymium (III) acetate) over a reservoir of 24% PEG 3350. ...詳細: Drops contained 2.1 microliters protein solution (pH 6.5) and 2.9 microliters of (0.1M citric acid pH 3.0, 24% PEG 3350, and 0.1 M Praseodymium (III) acetate) over a reservoir of 24% PEG 3350. pH of final drop ~4.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月17日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 16168 / Num. obs: 16168 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1598 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CB2-Fab

解像度: 2.61→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 23.633 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 1.455 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25245 1595 10 %RANDOM
Rwork0.19462 ---
all0.20052 15891 --
obs0.20052 15891 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.436 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 0 27 3475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9564819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75137278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4665456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45324.167132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14315547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22099
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0720.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8072.52917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.482.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.70253704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3272.51473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.44551115
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.614→2.668 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 94 -
Rwork0.281 838 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3007-0.2346-0.12922.84081.21471.96010.0890.1206-0.00140.0228-0.23870.210.0495-0.27010.1497-0.10580.04840.05710.02730.0059-0.033752.113639.0426-76.2596
21.14390.3092-1.23562.691-2.93298.1719-0.19190.0216-0.1859-0.08510.15390.09370.749-0.4690.0380.0644-0.14150.1355-0.0225-0.0178-0.032148.56047.3105-57.7793
31.46370.7975-1.35772.7186-1.06172.0569-0.1448-0.0684-0.02960.3580.01780.00460.08520.0160.127-0.00590.06790.0665-0.04390.004-0.079555.590848.2491-56.8941
42.3038-0.8184-1.10663.52891.05513.3854-0.1359-0.1631-0.10540.21890.0856-0.03290.20.18730.05030.00590.03750.1083-0.0410.0468-0.122260.830516.1493-51.3081
54.8982-0.9958-0.74265.38051.73590.879-0.15150.00720.06730.1727-0.0371-0.1221-0.2563-0.22420.1886-0.07520.07710.0249-0.03290.0457-0.164259.160763.1911-71.5687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1091 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2LA110 - 212111 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1141 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4HB115 - 214127 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5RC13 - 3910 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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