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万見
- PDB-2hfd: NMR structure of protein Hydrogenase-1 operon protein hyaE from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hfd
タイトルNMR structure of protein Hydrogenase-1 operon protein hyaE from Escherichia coli: Northeast Structural Genomics Consortium Target ER415
要素Hydrogenase-1 operon protein hyaE
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE / NESGC / ALFA-BETA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性[NiFe]-hydrogenase maturation factor HyaE / Hydrogenase-1 expression protein HyaE / signal sequence binding / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Hydrogenase-1 operon protein HyaE
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Singarapu, K.K. / Liu, G. / Eletsky, A. / Parish, D. / Atreya, H.S. / Xu, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. ...Singarapu, K.K. / Liu, G. / Eletsky, A. / Parish, D. / Atreya, H.S. / Xu, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2008
タイトル: Protein chaperones Q8ZP25_SALTY from Salmonella typhimurium and HYAE_ECOLI from Escherichia coli exhibit thioredoxin-like structures despite lack of canonical thioredoxin active site sequence motif.
著者: Parish, D. / Benach, J. / Liu, G. / Singarapu, K.K. / Xiao, R. / Acton, T. / Su, M. / Bansal, S. / Prestegard, J.H. / Hunt, J. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2006年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase-1 operon protein hyaE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9731
ポリマ－15,9731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase-1 operon protein hyaE


分子量: 15972.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL-10 / 遺伝子: hyaE / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P19931

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D (H)CCH-COSY
1513D 13C-separated NOESY
1613D 15N-separated NOESY
1713D aro NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6mM Protein Hydrogenase-1 Operon Protein hyaE; 0.02% NaN3, 100mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2004.061.12.44Delaglio et al解析
DYANA1.5GUNTERT et alデータ解析
CYANA2.1GUNTERT et al精密化
AutoStructure2.0.0HUANG et alデータ解析
CYANA1.5GUNTERT et alデータ解析
CNS1.1BRUNGER et al精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1996 restraints, 1523 are NOE-derived distance constraints, 473 dihedral angle restraints,
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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