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万見
- PDB-2hem: NMR structure and Mg2+ binding of an RNA segment that underlies t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hem
タイトルNMR structure and Mg2+ binding of an RNA segment that underlies the L7/L12 stalk in the E.coli 50S ribosomal subunit.
要素5'-R(P*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*CP*C)-3'
キーワードRNA / 23S rRNA / backbone dynamics / cis Watson-Crick G A pair / G A mismatch / helix 42 / L7/L12 stalk / Mg2+ binding / tandem (G A)2
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Zhao, Q. / Nagaswamy, U. / Lee, H. / Xia, Y. / Gao, X. / Fox, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: NMR structure and Mg2+ binding of an RNA segment that underlies the L7/L12 stalk in the E.coli 50S ribosomal subunit
著者: Zhao, Q. / Nagaswamy, U. / Lee, H. / Xia, Y. / Huan, H.-C. / Gao, X. / Fox, G.E.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / pdbx_entity_src_syn ...ndb_struct_na_base_pair / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7711
ポリマ－7,7711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / -Lowest energy, fewest VDW violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 7770.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
112NOESY
121TOCSY
131P-HSQC
14115N-HSQC
2512D NOESY
36115N-1H HSQC
37113C-1H HSQC
381HNN-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1RNA, H2O/D2OH2O/D2O
2RNA, D2OD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.16.51 atm298 K
20.16.51 atm276 K
30.16.51 atm285 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター製造業者: Bruker / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, et. al精密化
CNSBrunger, et. al構造決定
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy, fewest VDW violations
登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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