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万見
- PDB-2hdv: Crystal structure of the Src Homology-2 domain of the adapter pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hdv
タイトルCrystal structure of the Src Homology-2 domain of the adapter protein SH2-B
要素SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 / adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / signaling adaptor activity / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility ...Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / signaling adaptor activity / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility / signal transduction / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH2B adapter protein 1 / SH2B adapter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hu, J. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Phosphotyrosine Recognition by the Src Homology-2 Domains of the Adapter Proteins SH2-B and APS.
著者: Hu, J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2006年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
B: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5522
ポリマ－24,5522
非ポリマー00
水2,360131
1
A: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2761
ポリマ－12,2761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2761
ポリマ－12,2761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.05, 57.87, 99.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform


分子量: 12275.992 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 (Residues: 499-607) / 変異: E583A, E584A, W593H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sh2bpsm1 / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9WVM5, UniProt: Q91ZM2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris HCl 605 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14330 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RPY

1rpy


解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 715 RANDOM
Rwork0.21 --
obs0.21 14185 -
all-14662 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.26 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.748 Å20 Å20 Å2
2--6.27 Å20 Å2
3----2.522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 0 131 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.7561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.9582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.4832.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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