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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hdv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Src Homology-2 domain of the adapter protein SH2-B | ||||||
![]() | SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / SH2 / adapter protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility ...Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility / intracellular signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, J. / Hubbard, S.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Phosphotyrosine Recognition by the Src Homology-2 Domains of the Adapter Proteins SH2-B and APS. 著者: Hu, J. / Hubbard, S.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Two biological units in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12275.992 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 (Residues: 499-607) / 変異: E583A, E584A, W593H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris HCl 605 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14330 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RPY 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.26 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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