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万見
- PDB-2hci: Structure of Human Mip-3a Chemokine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hci
タイトルStructure of Human Mip-3a Chemokine
要素Small inducible cytokine A20
キーワードIMMUNE SYSTEM / macrophage inflammatory protein-3a / Dimer / Space group I4
機能・相同性
機能・相同性情報


thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis ...thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SULFITE ION / C-C motif chemokine 20
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Malik, Z.A. / Tack, B.F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of human MIP-3alpha chemokine.
著者: Malik, Z.A. / Tack, B.F.
履歴
登録2006年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small inducible cytokine A20
B: Small inducible cytokine A20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,66611
ポリマ－15,8252
非ポリマー8419
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.991, 83.991, 57.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Small inducible cytokine A20 / CCL20 / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / MIP-3-alpha / Liver and activation-regulated ...CCL20 / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / MIP-3-alpha / Liver and activation-regulated chemokine / CC chemokine LARC / Beta chemokine exodus-1 / MIP-3A


分子量: 7912.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence of the protein is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P78556
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 10% v/v dioxane, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→21.57 Å / Num. obs: 17465 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.99 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.78 % / Rmerge(I) obs: 0.3082 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 16.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M8A

1m8a


解像度: 1.81→59.76 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 872 -RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.20944 16315 94.12 %-
all-16315 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→59.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1059 0 21 156 1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.13
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.35
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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