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- PDB-2hbw: Crystal structure of a putative endopeptidase (ava_3396) from ana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbw
タイトルCrystal structure of a putative endopeptidase (ava_3396) from anabaena variabilis atcc 29413 at 1.05 A resolution
要素NLP/P60 protein
キーワードHYDROLASE / Nlp/p60 family protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Unknown ligand / NLP/P60
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena variabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of Murein Peptide Specificity of a gamma-D-Glutamyl-L-Diamino Acid Endopeptidase.
著者: Xu, Q. / Sudek, S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Geierstanger, B. / Jones, D.H. / Krishna, S.S. / Spraggon, G. / Bursalay, B. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Ambing, E. / Astakhova, T. / ...著者: Xu, Q. / Sudek, S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Geierstanger, B. / Jones, D.H. / Krishna, S.S. / Spraggon, G. / Bursalay, B. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Caruthers, J. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elias, Y. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Won Han, G. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Kumar, A. / Marciano, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Trout, C.V. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Wolf, G. / Zubieta, C. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NLP/P60 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6514
ポリマ－25,5331
非ポリマー1183
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.480, 86.891, 37.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NLP/P60 protein


分子量: 25533.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena variabilis (バクテリア)
株: ATCC 29413 / 遺伝子: yp_323898.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3M7N3
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.5
詳細: 20.0% 1,4-butanediol, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979008, 0.918370, 0.979291
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9790081
20.918371
30.9792911
反射解像度: 1.05→35.007 Å / Num. obs: 116587 / % possible obs: 96.7 % / Biso Wilson estimate: 11.574 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.05-1.090.6792.3499751102190.4
1.09-1.130.5222.945120987893.3
1.13-1.180.3943.8492931069094.8
1.18-1.240.3294.6501641082496
1.24-1.320.2715.6541241161396.8
1.32-1.420.2017.2527811125797.8
1.42-1.570.1459.6569461207398.8
1.57-1.80.09813.5571621168199.2
1.80.07322.7927701155099.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.05→35.007 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.716 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.023
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. AN UNKNOWN LIGAND UNL IS LOCATED NEAR THE CATALYTIC RESIDUE CYS 126. DUE TO THE POOR DENSITY, IT CAN NOT BE UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. AN UNKNOWN LIGAND UNL IS LOCATED NEAR THE CATALYTIC RESIDUE CYS 126. DUE TO THE POOR DENSITY, IT CAN NOT BE UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. IT RESEMBLES A SHORT PEPTIDE. THERE ARE ADDITIONAL DISORDERED DENSITY AROUND CYS126. 3. BOTH 106 AND 116 SIDE CHAINS ARE DISORDERED ACCORDING TO DENSITY, HOWEVER, ONLY THE MAIN CONFORMATION CAN BE BUILT UNAMBIGUOUSLY, AS A RESULT, SIDE CHAINS OF THESE RESIDUES ARE MODELED WITH PARTIAL OCCUPANCIES. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. N-TERMINAL FROM 1 TO 14 ARE DISORDERED. 6. THERE ARE SOME UNEXPLAINED DENSITIES IN THE SOLVENT AREA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.149 5839 5 %RANDOM
Rwork0.125 ---
obs0.126 116513 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→35.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1675 0 19 345 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.962772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06733197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0845280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50625.11488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7715313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.773158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2950.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3620.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1860.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.75331304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1883521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.63152087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2738795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.42411685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.29133654
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.9293363
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.88633240
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.068 Å / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 280 -
Rwork0.264 5415 -
obs-5695 99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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