PDB-2hbv: Crystal Structure of alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Sem...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hbv

タイトル

Crystal Structure of alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Semialdehyde-Decarboxylase (ACMSD)

要素

2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

キーワード

LYASE / ACMSD / TIM-barrel / Decarboxylase / Metaloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Martynowski, D. / Eyobo, Y. / Li, T. / Yang, K. / Liu, A. / Zhang, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of alpha-Amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde Decarboxylase: Insight into the Active Site and Catalytic Mechanism of a Novel Decarboxylation Reaction.
著者: Martynowski, D. / Eyobo, Y. / Li, T. / Yang, K. / Liu, A. / Zhang, H.

履歴

登録	2006年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hbv.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hbv.ent.gz	117.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2hbv_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hbv_full_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示
XML形式データ	2hbv_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	2hbv_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hbxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eri-d 4ifr-d 4ifo-d 4era-d 4ifk-d 4ig2-d 2hbx-d 6mgt-d 7k12-d 6mgs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.557, 48.107, 110.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 127.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-618- HOH

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B).

#1: タンパク質	2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase / alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Semialdehyde-Decarboxylase / ACMSD 分子量: 37183.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: KU-7 / 遺伝子: nbaD / プラスミド: pSD 80 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q83V25, aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75 詳細: 15% PEG 5000, 0.2M MgCl2, pH 8.75, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904, 0.97918, 0.97818, 0.98034, 0.97951

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日

放射

モノクロメーター: Graphit / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97904	1
2	0.97918	1
3	0.97818	1
4	0.98034	1
5	0.97951	1

Reflection

D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / 冗長度: 4.4 %

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	13.2	148978	0.057	1.15	33974	99.8
2	14	148517	0.058	1.24	33890	99.8
3	13.7	148131	0.053	1.2	33594	99.8
4	15.8	148880	0.049	1.32	33844	99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.59	50	96.6	1	0.021	1.179	4.5
6.03	7.59	99.7	1	0.027	1.064	4.6
5.27	6.03	99.7	1	0.029	0.98	4.1
4.79	5.27	99.7	1	0.031	0.984	4.2
4.44	4.79	99.9	1	0.036	1.226	4.3
4.18	4.44	100	1	0.044	1.41	4.3
3.97	4.18	100	1	0.052	1.421	4.4
3.8	3.97	99.9	1	0.059	1.285	4.4
3.65	3.8	99.9	1	0.061	1.151	4.4
3.53	3.65	100	1	0.074	1.092	4.4
3.42	3.53	100	1	0.092	0.996	4.4
3.32	3.42	100	1	0.102	1.018	4.4
3.23	3.32	100	1	0.142	1.035	4.4
3.15	3.23	100	1	0.185	1.123	4.4
3.08	3.15	100	1	0.211	1.107	4.4
3.02	3.08	100	1	0.254	1.158	4.4
2.96	3.02	100	1	0.347	1.175	4.4
2.9	2.96	100	1	0.375	1.155	4.4
2.85	2.9	100	1	0.418	1.207	4.4
2.8	2.85	100	1	0.481	1.154	4.4
7.59	50	96.5	2	0.019	1.038	4.5
6.03	7.59	99.7	2	0.025	1.032	4.6
5.27	6.03	99.7	2	0.027	0.997	4.2
4.79	5.27	99.7	2	0.029	1.031	4.2
4.44	4.79	99.9	2	0.036	1.1	4.3
4.18	4.44	100	2	0.046	1.15	4.3
3.97	4.18	100	2	0.054	1.268	4.4
3.8	3.97	99.9	2	0.06	1.18	4.4
3.65	3.8	99.9	2	0.065	1.273	4.4
3.53	3.65	100	2	0.075	1.205	4.4
3.42	3.53	100	2	0.097	1.161	4.4
3.32	3.42	100	2	0.106	1.208	4.4
3.23	3.32	100	2	0.151	1.224	4.4
3.15	3.23	100	2	0.196	1.29	4.4
3.08	3.15	100	2	0.235	1.359	4.4
3.02	3.08	100	2	0.273	1.354	4.4
2.96	3.02	100	2	0.38	1.453	4.4
2.9	2.96	100	2	0.419	1.453	4.4
2.85	2.9	100	2	0.442	1.411	4.4
2.8	2.85	100	2	0.56	1.553	4.4
7.59	50	96.3	3	0.017	1.153	4.5
6.03	7.59	99.7	3	0.021	0.928	4.6
5.27	6.03	99.7	3	0.023	0.921	4.2
4.79	5.27	99.7	3	0.027	1.074	4.3
4.44	4.79	99.8	3	0.035	1.207	4.4
4.18	4.44	99.9	3	0.045	1.063	4.4
3.97	4.18	100	3	0.054	1.213	4.4
3.8	3.97	99.9	3	0.059	1.264	4.4
3.65	3.8	100	3	0.063	1.171	4.4
3.53	3.65	100	3	0.07	1.22	4.4
3.42	3.53	100	3	0.089	1.122	4.4
3.32	3.42	100	3	0.098	1.166	4.4
3.23	3.32	100	3	0.138	1.23	4.4
3.15	3.23	100	3	0.181	1.315	4.4
3.08	3.15	100	3	0.211	1.243	4.4
3.02	3.08	100	3	0.244	1.304	4.4
2.96	3.02	100	3	0.33	1.319	4.4
2.9	2.96	99.9	3	0.386	1.307	4.4
2.85	2.9	100	3	0.416	1.297	4.4
2.8	2.85	100	3	0.495	1.422	4.4
7.59	50	95.6	4	0.016	0.869	4.5
6.03	7.59	99.6	4	0.019	0.861	4.6
5.27	6.03	99.7	4	0.021	0.981	4.2
4.79	5.27	99.4	4	0.026	1.201	4.3
4.44	4.79	99.5	4	0.034	1.387	4.3
4.18	4.44	99.8	4	0.043	1.156	4.4
3.97	4.18	99.9	4	0.05	1.298	4.4
3.8	3.97	99.9	4	0.053	1.577	4.4
3.65	3.8	99.9	4	0.057	1.485	4.4
3.53	3.65	100	4	0.066	1.359	4.4
3.42	3.53	100	4	0.083	1.28	4.4
3.32	3.42	100	4	0.093	1.395	4.4
3.23	3.32	100	4	0.129	1.299	4.4
3.15	3.23	99.9	4	0.163	1.314	4.4
3.08	3.15	100	4	0.195	1.427	4.4
3.02	3.08	100	4	0.227	1.416	4.4
2.96	3.02	100	4	0.311	1.48	4.4
2.9	2.96	100	4	0.349	1.507	4.4
2.85	2.9	99.9	4	0.375	1.493	4.4
2.8	2.85	100	4	0.468	1.56	4.4

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 72711 / % possible obs: 46.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.028 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.189 / Num. unique all: 1713 / Χ²: 1.064 / % possible all: 22.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.258	0.359	0.019	1.196
2	Se	50.888	0.559	0.315	0.141	0.765
3	Se	44.783	0.783	0.385	0.105	0.686
4	Se	60	0.55	0.187	0.144	0.965
5	Se	60	0.602	0.176	0.149	1.008
6	Se	19.211	0.743	0.058	0.074	0.391
7	Se	49.717	0.713	0.474	0.129	0.55
8	Se	60	0.821	0.242	0.168	0.648
9	Se	60	0.161	0.331	0.089	0.876
10	Se	28.264	0.759	0.472	0.103	0.401
11	Se	33.623	0.747	0.088	0.098	0.491
12	Se	58.338	0.202	0.356	0.096	0.721
13	Se	60	0.326	0.286	0.158	0.708
14	Se	60	0.753	0.255	0.13	0.327
15	Se	45.754	0.758	0.365	0.101	0.426
16	Se	33.327	0.646	0.052	0.177	0.408
17	Se	60	0.186	0.426	0.041	0.435
18	Se	1	0.274	0.425	0.215	0.205
19	Se	38.602	0.723	0.389	0.076	0.438
20	Se	59.138	0.28	0.409	0.186	0.386
21	Se	1	0.368	0.488	0.077	0.015
22	Se	54.669	0.88	0.07	0.114	0.259
23	Se	60	0.733	0.447	0.219	0.449
24	Se	1	0.841	0.123	0.074	0.009

Phasing MR

R_factor: 0.535 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.324

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	33.81 Å
Translation	3 Å	33.81 Å

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.71 / 反射: 17951 / Reflection acentric: 15193 / Reflection centric: 2758

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-19.996	0.95	0.96	0.93	815	525	290
5-8	0.91	0.93	0.86	2512	1958	554
4-5	0.9	0.91	0.84	3069	2551	518
3.5-4	0.81	0.83	0.75	3049	2612	437
3-3.5	0.61	0.62	0.54	5318	4687	631
2.8-3	0.39	0.4	0.34	3188	2860	328

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.65→33.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.28 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	3532	5.1 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.251	69090	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5165	0	3	441	5609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.943	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.587	5	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.087	24.094	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.815	15	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.444	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.638	1.5	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	2	5275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.426	3	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.115	4.5	1938

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	175	-
R_work	0.252	2941	-
obs	-	3116	88.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6885	0.007	-0.4382	0.6577	-0.1673	1.1841	-0.0797	0.3535	0.1519	0.0186	0.0377	-0.0396	-0.0132	-0.1194	0.042	0.0101	-0.0646	-0.0126	-0.111	0.0089	-0.0952	42.4661	2.3556	22.7991
2	3.7202	-1.3327	-0.3511	5.3045	-1.6977	6.6893	0.0039	0.4237	-1.063	-0.0982	-0.1123	0.2739	0.2851	0.4238	0.1084	-0.0732	0.0008	0.0737	-0.2154	-0.1505	0.1405	53.5609	-18.9488	20.0092
3	4.5961	0.9195	1.5484	1.2235	0.3445	0.9691	0.0565	0.3388	-0.1049	0.0597	-0.015	0.2792	0.0922	0.0397	-0.0415	-0.1059	-0.0628	0.0087	-0.0487	-0.0329	-0.0889	10.1899	-5.5591	17.0822
4	4.7802	4.233	-6.588	7.3734	-0.3248	20.1248	-0.7736	-2.1236	0.359	1.6947	1.4104	0.4424	-0.633	-0.9622	-0.6368	-0.0003	-0.0001	0.0005	0.0002	0.0006	0.0002	0.0478	-5.1557	39.6724

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	3 - 14	3 - 14
2	1	A	A	56 - 333	56 - 333
3	2	A	A	15 - 55	15 - 55
4	3	B	B	4 - 14	4 - 14
5	3	B	B	56 - 333	56 - 333
6	4	B	B	15 - 55	15 - 55

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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