PDB-2hbq: Crystal structure of wildtype human caspase-1 in complex with 3-[...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hbq

タイトル

Crystal structure of wildtype human caspase-1 in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK)

要素

(Caspase-1) x 2
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / active-site inhibitor / allosteric circuit / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Scheer, J.M. / Wells, J.A. / Romanowski, M.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
著者: Scheer, J.M. / Romanowski, M.J. / Wells, J.A.

履歴

登録	2006年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2006年6月27日	ID: 2FQR
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.3	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hbq.cif.gz	72.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hbq.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hbq_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hbq_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	2hbq_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2hbq_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fqqC 2h48C 2hbrC 2hbyC 2hbzC 1sc3S 1sc1 1sc4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hby-1 2h4w-1 2h54-1 1sc4-1 3d6f-1 1rwn-1 2hbr-1 2h4y-1 1ibc-1 6kn1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (3) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (3)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Caspase-1

B: Caspase-1

C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide

30.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Caspase-1

B: Caspase-1

C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide

A: Caspase-1

B: Caspase-1

C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.301, 63.301, 161.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-118- HOH

#1: タンパク質	Caspase-1 分子量: 19869.838 Da / 分子数: 1 / 断片: P20 Subunit, residues 120-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODON+ / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#2: タンパク質	Caspase-1 分子量: 10258.755 Da / 分子数: 1 / 断片: P10 Subunit, residues 317-404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODON+ / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#3: タンパク質・ペプチド	N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 471.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(1S)-1-(carboxymethyl)-3-fluoro-2-oxopropyl]-L-alaninamide
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Pipes, 200 MM LI2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 MM DTT, 3 MM NAN3, 2 MM MGCL2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月3日
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 31366 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CrystalClear		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SC3

1sc3

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.607 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1508	5 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.20981	31366	-	-
obs	0.21	28476	95.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2053	0	0	229	2282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.301	1.962	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.013	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.126	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.229	2.5	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.156	5	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.367	2.5	821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.2	5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.378	117
R_work	0.367	2185

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 45.4918 Å / Origin y: 62.2941 Å / Origin z: -5.8315 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0174 Å²	-0.0017 Å²	-0.0066 Å²	-	0.0175 Å²	0.014 Å²	-	-	0.0172 Å²
L	0.3083 °²	-0.0395 °²	0.3049 °²	-	0.2967 °²	-0.3892 °²	-	-	0.9101 °²
S	-0.0301 Å °	0.0203 Å °	-0.0349 Å °	0.0355 Å °	0.0552 Å °	0.0073 Å °	-0.1362 Å °	-0.099 Å °	-0.0251 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	125 - 144	6 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	150 - 297	31 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	317 - 404	1 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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