PDB-2hb0: Crystal Structure of CfaE, the Adhesive Subunit of CFA/I Fimbria ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hb0

タイトル

Crystal Structure of CfaE, the Adhesive Subunit of CFA/I Fimbria of Enterotoxigenic Escherichia coli

要素

CFA/I fimbrial subunit E

キーワード

CELL ADHESION / CfaE / Adhesin / ETEC / CFA/I / Traveler's Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Li, Y.F. / Xia, D. / Poole, S. / Rasulova, F. / Savarino, S.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: A receptor-binding site as revealed by the crystal structure of CfaE, the colonization factor antigen I fimbrial adhesin of enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Li, Y.F. / Poole, S. / Rasulova, F. / McVeigh, A.L. / Savarino, S.J. / Xia, D.

履歴

登録	2006年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hb0.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hb0.ent.gz	131.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hb0_validation.pdf.gz	406.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hb0_full_validation.pdf.gz	421 KB	表示
XML形式データ	2hb0_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	2hb0_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vac-2 5hj0-d 6wvw-1 30622 7bxx-1 3odn-d 1qoy-d 3vac-1 7bxx-2 5j6p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CFA/I fimbrial subunit E

B: CFA/I fimbrial subunit E

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFA/I fimbrial subunit E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CFA/I fimbrial subunit E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.346, 143.346, 231.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	24 - 201	2 - 179
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	24 - 201	2 - 179
3	2	GLY	GLY	SER	SER	A	A	202 - 374	180 - 352
4	2	GLY	GLY	SER	SER	B	B	202 - 374	180 - 352

#1: タンパク質	CFA/I fimbrial subunit E / Colonization factor antigen I subunit E 分子量: 40988.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfaE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25734
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 10% PEGMME 550, 0.1M sodium HEPES, 1.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 63021 / % possible obs: 74.8 % / R_merge(I) obs: 0.082

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.68 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20076	2460	4 %	RANDOM
R_work	0.17783	-	-	-
all	0.227	-	-	-
obs	0.17874	58667	97.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.447 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	1.14 Å²	0 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5517	0	21	692	6230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.958	7688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.127	3	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.216	15	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.211	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.3	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.5	914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.3	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.438	0.5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	1.5	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.874	2	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.381	3	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.219	4.5	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1407	tight positional	0.17	0.05
1322	loose positional	0.44	5
1407	tight thermal	0.3	0.5
1322	loose thermal	2	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.292	146
R_work	0.263	3719

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7693	-0.8893	-1.2241	1.4931	1.1717	2.9256	-0.0474	-0.0376	-0.226	0.0583	0.0105	-0.0997	0.4133	0.3196	0.0369	0.145	0.0773	0.0435	0.1263	-0.0246	0.1342	45.9427	18.3721	86.6876
2	3.481	-0.4556	-3.579	1.1619	1.533	5.2366	-0.1034	-0.2852	-0.0856	0.281	0.009	0.0571	0.2911	0.1709	0.0944	0.1726	0.0215	0.0451	0.1865	0.0211	0.1559	14.6173	32.4116	121.9503
3	1.1408	-0.1886	1.0843	0.4758	-0.0795	3.2694	-0.0101	0.1288	0.0975	-0.0113	-0.0381	-0.0796	-0.1816	0.2868	0.0482	0.0405	-0.028	0.056	0.0787	-0.0339	0.0777	39.5131	41.3705	77.8217
4	1.7717	1.3366	1.5401	1.51	3.5722	7.3273	0.0187	-0.0873	0.1769	0.1444	0.0496	-0.0538	-0.1993	0.2181	-0.0683	0.238	-0.0173	-0.0774	0.2507	-0.0685	0.3045	56.9832	53.8905	122.1415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 201	2 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	202 - 374	180 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	24 - 201	2 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	202 - 374	180 - 352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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