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万見
- PDB-2h9d: Pyruvate-Bound Structure of the Isochorismate-Pyruvate Lyase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h9d
タイトルPyruvate-Bound Structure of the Isochorismate-Pyruvate Lyase from Pseudomonas aerugionsa
要素Salicylate biosynthesis protein pchB
キーワードLYASE / intertwined dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


pyochelin biosynthetic process / isochorismate lyase / carbon-oxygen lyase activity / isochorismate pyruvate lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能
Salicylate biosynthesis protein PchB / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II ...Salicylate biosynthesis protein PchB / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / Isochorismate pyruvate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lamb, A.L. / Zaitseva, J. / Lu, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Two Crystal Structures of the Isochorismate Pyruvate Lyase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Zaitseva, J. / Lu, J. / Olechoski, K.L. / Lamb, A.L.
履歴
登録2006年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate biosynthesis protein pchB
B: Salicylate biosynthesis protein pchB
C: Salicylate biosynthesis protein pchB
D: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,35711
ポリマ－45,7884
非ポリマー5687
水3,261181
1
A: Salicylate biosynthesis protein pchB
B: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0704
ポリマ－22,8942
非ポリマー1762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
2
C: Salicylate biosynthesis protein pchB
D: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2867
ポリマ－22,8942
非ポリマー3925
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
4
C: Salicylate biosynthesis protein pchB
D: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子

A: Salicylate biosynthesis protein pchB
B: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,35711
ポリマ－45,7884
非ポリマー5687
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area12590 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.523, 74.636, 88.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains 2 dimers. Each dimer respresents one biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Salicylate biosynthesis protein pchB / isochorismate-pyruvate lyase


分子量: 11447.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PchB / プラスミド: pET29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q51507, Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases
#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM ADA, 25% PEG 3350, 0.15 M calcium acetate, 10% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 138 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月22日
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→57.2 Å / Num. obs: 25853 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / % possible all: 75.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H9C

2h9c


解像度: 1.95→57.2 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2450 -random
Rwork0.21 ---
obs0.21 24992 92.1 %-
all-27138 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→57.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 37 181 3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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